La notion de race pure dans l’élevage canin

A l’origine, la notion de race pure dans l’élevage canin était (et est toujours) réservée aux chiens inscrits dans un livre généalogique reconnu. Un pedigree retrace l’histoire généalogique du chien de race. Cependant, les chiens inscrits dans ces registres n’avaient pas nécessairement besoin d’être apparentés mais seulement documentés. Ainsi, il n’était pas rare de trouver la mention “sans origines connues” pour certains chiens. En France, pendant longtemps, les pedigrees étaient écrits par l’éleveur lui-même, à la main. La Société Centrale Canine apposait un tampon sur celui-ci certifiant que les informations retranscrites étaient conformes à celles trouvées sur le Livre des Origines de la race.
Mais avec le temps, le concept de “race pure” a glissé vers un autre concept qui implique la notion de “pureté” et de “contamination”, ce qui, d’un point de vue génétique n’a aucun fondement.

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Les origines du mot “pedigree”

Le mot “pedigree” est apparu dans la langue anglaise sous la forme “pee de Grewe” qui vient du Français “pied de grue”. Cet emprunt vient de l’analogie visuelle entre la trace du pied de cet oiseau et les trois traits utilisés dans les registres officiels anglais pour indiquer les ramifications d’un arbre généalogique. On le trouvait parfois écrit à la française dans le passé, avec un accent sur le « e »: pedigrée. Le pedigree est le document incontournable dès lors que l’on aborde la notion de race pure dans l’élevage canin.

Les gènes spécifiques à une race existent-ils ?

Il n’y a pas de gènes qui “appartiennent” à une race. Les chiens sont tous constitués de gènes canin. Il n’y a pas de gènes “Saarloos”, de gènes “Labrador” etc.
Le concept de “race pure” n’a aucune base génétique car tous les chiens ont des gènes de chiens. L’algorithme ancestral d’Embark peut identifier les races intervenues dans le patrimoine génétique d’un chien issue d’un croisement. Comment ? Grâce à des modèles de fréquences, de distributions et de petites différences sur l’ADN (en tant que partie d’un gène ou non) se trouvant dans une race ou une lignée particulière. Mais certainement pas, par l’identification de gènes “de races de chiens”… Par conséquent, ce serait une erreur de considérer les résultats d’Embark comme confirmation qu’un chien est de race pure…

Quand peut-on considérer que des chiens sont de “race pure” ?

En fait, quand les instances cynophiles le décident… Puisque les règles utilisées pour établir la pureté d’une race dépend de l’opinion de spécialistes et non de la génétique.

Définition du terme “race” dans le monde cynophile :
Population résultant par sélection à la subdivision d’une même espèce et possédant un certain nombre de caractères communs transmissibles d’une génération à l’autre, répondant à un standard défini officiellement.

Les règles appliquées par une fédération canine, une société canine ou un club de race sont arbitraires et basées sur cette notion de “contamination” (c’est-à-dire lorsque les gènes issus d’un croisement sont suffisamment faibles pour que les puristes les tolèrent), ce qui est contre-productif pour les stratégies de sélection conçues pour conserver la diversité génétique.

Peut-on prédire le ratio de gènes d’un chien issu d’un croisement ?

La génétique simple permet de prédire la fraction de gènes attribuée à un chien issu d’un croisement de race.
Un croisement de la race A et de la race B produira une progéniture A/B (avec 50% de gênes issus de A et 50% de gènes issus de B). Si l’un d’entre eux est rétro-croisé avec A, la progéniture sera en moyenne de 75/25, et un autre rétro-croisement sera de 87/12 et un autre rétro-croisement sera de 93/6. A force de rétro-croisements consécutifs, la diversité apportée par le croisement initial se perd…

Les races conservent-elles leurs pools génétique d’origine dans le temps ?

Pour ceux qui soutiennent l’idéologie « pure race », pour les ayatollahs de la pureté, ceux qui pensent que seule une population close est à l’abri des maladies qui ne peuvent provenir que de l’extérieur, pensez à ceci : une race commence avec une population de chiens dits “fondateurs” et tous les chiens de la race leur seront apparentés. De la génétique de base, nous savons que des gènes seront perdus de ce pool génétique d’origine à chaque génération par consanguinité due à la sélection et par dérive génétique. Il y aura une suppression délibérée des gènes indésirables à chaque génération. Ainsi, à chaque génération, le pool génétique des descendants de la race considérée représente de moins en moins le pool génétique d’origine de leurs ascendants.

Si le pool génétique d’origine est ce qui a défini la race, qu’en reste-t-il si 10 % ou 25 % ou même plus de ces gènes d’origine ont disparu ?

Un Saarloos avec seulement 70 % des gènes d’origine dans la race est-il toujours un Saarloos ? Si vos Saarloos ont 80 % des gènes d’origine, mais que certains chiens d’autres éleveurs n’en ont que 70 %, vos chiens sont-ils “meilleurs” ? Quelle part du pool génétique d’origine devez-vous perdre avant que les chiens restants ne puissent être considérés comme des chiens de la même race ?

Quels types de gènes disparaissent ?

Depuis toujours, et majoritairement, les éleveurs sélectionnent fortement les gènes agissant sur le phénotype. Le résultat qui en découle est visible et une homogénéité morphologique s’installe. Ce n’est donc pas là qu’il faut regarder dès lors où l’on tente de comprendre l’épuisement génétique d’une population. En effet, l’épuisement est dans les gènes qui rendent le chien fonctionnel (ceux que vous ne voyez pas !). Qu’en est-il d’un Doberman pure race avec 50 % de perte du pool génétique d’origine et qui meurt d’une insuffisance cardiaque avant d’avoir 2 ans (cardiomyopathie dilatée) ? Et pour allonger la longue liste des maladies qui ont détruit cette race, on peut y rajouter les cancers (premiere cause de décès précoce dans la race), les hépatites chroniques, la maladie de Wobbler (une maladie neurologique causée par une instabilité du cou au niveau des vertèbres cervicales). Est-il toujours un représentant emblématique de la race ? Est-ce toujours un Doberman ? Peut-il toujours être considéré comme « pure race » s’il ne possède qu’une fraction des gènes des Doberman d’origine ? Toute cette ambiguïté est une conséquence de la définition de “pure race” basée sur l’opinion et non sur la génétique.

Conséquences pour les éleveurs

Les chiens de race évoluant dans un pool génétique fermé perdront des gènes à chaque génération. Une race commence avec une diversité génétique initiale représentée par un pool de gènes fini mais perd des gènes à chaque génération par consanguinité. Mais où cela s’arrête-t-il ? Des générations plus tard, à force de sélections en consanguinité et de dérive génétique, la race ne possède plus les gènes nécessaires pour que les éleveurs puissent produire des chiens en bonne santé. C’est le destin de TOUTES les races de chiens et beaucoup sont maintenant dans un cul-de-sac car il n’y a plus assez de gènes. Comment les éleveurs résoudront-ils ce problème ? Comment vont-ils pouvoir remettre en place les gènes disparus pour pouvoir recommencer à produire des chiens en bonne santé ?

Quels sont les leviers d’action des éleveurs pour influer sur la diversité génétique ?

Les leviers d’action des éleveurs sont en fait peu nombreux. Pire, de mauvaises pratiques d’élevage encore trop bien ancrées ne vont pas dans le sens d’une augmentation de la diversité génétique…

• Les éleveurs ne sont autorisés à faire de la reproduction qu’en consanguinité… Sinon, pas de LOF, pas de pedigree et plus d’affixe… Ce n’est donc pas de la responsabilité des éleveurs mais des sociétés canines détentrices du standard de la race d’imposer des programmes de croisements à leurs clubs de races affiliés pour augmenter la diversité génétique. Pour le Saarloos, l’AVLS a commencé un programme d’outcross suivi par la NVSWH. Est-ce que l’ajout de diversité génétique engendré par ces programmes sera suffisant ? Mais surtout, comment les éleveurs en bénéficieront pour leurs projets de reproduction ?
• Les éleveurs n’établissent pas de stratégies de sélection de groupe. Pour la plupart, ils se contentent de faire reproduire leurs propres reproducteurs et/ou à faire reproduire les meilleurs. Ils vont peu à l’étranger faire des saillies pour rechercher des lignées moins communes. Les mêmes mariages sont reproduits plusieurs fois. Dans ce dernier cas, je préfère ne pas parler d’éleveurs mais de naisseurs. Leurs objectifs n’étant pas les mêmes (produire pour soi et non pour la race).
• Et puis, il y a la mode du “type”. Le Saint Graal pour les éleveurs ! Le type qui rendra reconnaissable au premier coup d’oeil la provenance de tel ou tel chien… La consanguinité permet de fixer les types mais cette stratégie est contraire aux stratégies de sélections conçues pour préserver la diversité génétique. De plus, cela contribue par la suite à mettre sous les projecteurs certains reproducteurs qui deviendront trop populaires dans les pedigrees car trop utilisés… Là aussi, c’est contre-productif lorsqu’une race comme celle du chien-loup de Saarloos nécessite la préservation de la diversité génétique… Le type n’est-il pas fixé aux premières générations après création de la race et décrit dans le standard ? Qu’y a-t’il de plus à fixer qui n’est déjà mentionné dans le standard ? Quelle est cette quête de types dans le type ?

• La taille critique de la population effective du Saarloos ne permet pas beaucoup de possibilités de mariages pour les éleveurs. Les opportunités pour augmenter la diversité génétique du Saarloos sont rares. Il faut motiver les propriétaires de Saarloos mâles à proposer leurs chiens comme étalons. Faire une portée issue d’une combinaison avec des lignées étrangères peu utilisées n’apporte finalement rien à la race si les chiens issus de cette combinaison ne reproduisent jamais à leur tour ou sont stérilisés ! Même dans les cas d’éleveurs prenant soins de ne faire des mariages qu’avec des lignées étrangères moins utilisées, au regard de la petite taille de la population effective du Saarloos, ces éleveurs arriveront malgré tout dans un cul de sac par manque de choix…

La consanguinité des chiots devrait être idéalement inférieure à celle de leurs parents.

Une règle de base qui devrait être systématiquement appliquée par les éleveurs

Cette règle de base est d’autant plus importante pour les races à faible population effective et hautement consanguines telles que celles du chien-loup de Saarloos.

La retrempe clandestine

Et parfois, certains détournent les règles… mais en catimini, sous le manteau. La retrempe clandestine n’est pas une vue de l’esprit. Cette tromperie s’assimile plus à de la magouille qu’à de la sélection… Avec pour conséquence des pedigrees à la véracité contestable. Si la retrempe clandestine a été faite avec une autre race, on a amélioré la diversité génétique mais on induit des pedigrees faux. Si la retrempe clandestine a été faite en ligne collatérale, il y a de fortes chances que la diversité génétique n’ait pas été grandement améliorée et qu’en plus les pedigrees soient toujours faux… Pour rappel, ces mêmes pedigrees qui valident aux yeux des instances cynophiles la notion de pure race…

Un pedigree est-il un gage de filiation ?

Non. Ici, la génétique supplante l’opinion. Seule la compatibilité par filiation est un gage de filiation. Mais du coup, est-ce qu’un pedigree garantit les origines d’un chien ? Malheureusement non plus… Le pedigree dépend grandement des déclarations faites par l’éleveur au moment de la saillie. Les contrôles de la Société Centrale Canine sont insuffisants. A ce jour, la SCC reconnait elle-même que 80% des reproducteurs actuels n’assurent pas une traçabilité complète !

Quelle est la situation pour le Saarloos ?

Il suffit d’être un minimum curieux pour s’apercevoir de l’étendue du problème. Comment ? Embark est capable de donner le coefficient de consanguinité génétique d’un chien. Pour le chien-loup de Saarloos, et à la date d’écriture de cet article, une quarantaine de chiens ont été testés (peut-être un peu plus). Parmi eux, des chiens issus de la population fermée de la NVSWH et des chiens issus de la population générale. Il suffit de comparer pour ces deux populations, leur taux de consanguinité calculés depuis leurs pedigrees. Puis de les comparer avec le résultat des taux de consanguinité génétiques donnés par Embark basés sur leur ADN.

Le résultat est sans appel : tous les taux de consanguinité basés sur les pedigrees sont faux. Hormis pour les chiens de la NVSWH (les 5 derniers sur la droite du graphique). Et pour certains chiens de la population générale les différences sont juste énormes… Tous ces chiens sont de pays d’origines différents (Pays-Bas, France, Allemagne etc) et de pedigrees différents. Officiellement, tous ces chiens sont de race pure (selon la définition basée sur l’opinion expliquée plus haut). La génétique et l’opinion ne vont pas dans le même sens. Beaucoup de mythes sont encore trop ancrés dans le monde de l’élevage et persistent encore et toujours….

Les résultats ci-dessus interrogent… Comment des chiens évoluant dans un livre des origines qui a longtemps été fermé, ne pouvant se reproduire qu’en consanguinité, voient leur niveau d’homozygotie baisser alors qu’il devrait augmenter ?
Pourquoi la prolificité des portées augmente ces dernières années alors qu’elle devrait baisser ?
Pourquoi ces différents points s’appliquent à la population fermée de la NVSWH et non à la population générale ?

Et si on jouait un peu avec les pedigrees ?

Par curiosité, je me suis amusé à créer une database alternative dans laquelle j’ai changé le statut de quelques ancêtres grandement ostracisés et très largement utilisés dans les pedigrees. Voici le résultat du taux de consanguinité basé sur les nouveaux pedigrees obtenus.

Les taux de consanguinité calculés au travers de cette database alternative sont bien plus réalistes que ceux calculés avec la database officielle… Il y a toujours quelques décalages pour quelques chiens. Ils nécessiteraient de passer plus de temps que j’en ai passé. Mais le but n’est pas non plus d’obtenir une valeur exacte mais une valeur estimée qui, idéalement devra être confirmée par la suite, avec l’analyse SNPs du chien, afin d’obtenir son taux de consanguinité génétique.

• Le taux de consanguinité calculé depuis un pédigree est une estimation de la consanguinité moyenne attendue pour une portée. Alors que le taux de consanguinité génétique représente le niveau réel de consanguinité de chaque chiot au sein de cette portée.
• Au sein d’une portée, il peut y avoir de grandes disparités dans les taux de consanguinité génétique pour chaque chiot. En effet, ils n’ont pas tous hérité des mêmes allèles de leur mère et de leur père lors de la grande loterie génétique.
• Les taux de consanguinité génétiques sont généralement plus élevés que les taux de consanguinité calculés depuis le pedigree du chien. La raison en est expliquée ici.
• Le taux de consanguinité ne donne pas d’information sur l’identité des gènes qui seront homozygotes. En effet, l’homozygotie peut s’appliquer à de bons gènes comme à de mauvais gènes… Par conséquent, le taux de consanguinité ne dit pas si les effets de la consanguinité seront bons ou mauvais, si les chiots seront en bonne ou en mauvaise santé.
• Le taux de consanguinité calculé depuis le pedigree est une probabilité statistique de l’homozygotie attendue.
  • Si l’homozygotie apparaît sur un gène désirable, alors le coefficient de consanguinité aura été une mesure de bénéfice potentiel.
  • Si l’homozygotie apparaît sur un gène indésirable, alors le coefficient de consanguinité aura été une mesure de risque potentiel.

Comparaison des résultats

L’inconsistance des résultats de consanguinité issus des pedigrees officiels comparés aux résultats issus d’Embark est flagrante. Le graphique ci-dessous montre clairement la différence avec le résultat obtenu d’après une database alternative.

Dans ce type de graphique, les points (qui représentent chaque chien) devraient former une forme de cigare étiré, placée sur la diagonale du graphique. C’est le cas avec la database alternative contrairement à la database officielle…

Pour en savoir plus sur la méthode utilisée par Embark (ROH – Runs Of Homozosity) pour calculer les taux de consanguinité génétique, c’est ici.

Quelle est la valeur moyenne de la consanguinité du Saarloos ?

Au-delà du concept “pure race”, la génétique nous donne une bonne nouvelle : finalement, la consanguinité du chien-loup de Saarloos n’est pas aussi haute qu’on le pensait… des 54% (environ) initialement calculé au travers des pedigrees, le taux de consanguinité moyen du chien-loup de Saarloos tournerait plutôt autour des 35%. Cependant, on ne peut pas s’en réjouir puisque cette valeur se situe toujours bien au-delà des seuils à ne pas dépasser (10%) et bien supérieure à celle de la plupart des autres races de chiens. Le graphique ci-dessous montre bien le niveau de consanguinité préoccupant du Saarloos en comparaison avec la moyenne de consanguinité de toutes les autres races de chiens testées chez Embark (environ 15%)… Même les quelques Saarloos les moins consanguins se situent au-dessus de la moyenne de consanguinité des autres races de chiens…

Bien entendu, tout ceci ne peut être considéré comme une étude issue d’un panel représentatif. Il faudrait beaucoup plus de chiens-loups de Saarloos génotypés chez Embark pour confirmer ces conclusions. Mais pour autant, j’ai l’intime conviction que ces données sont représentatives. Pourquoi ? Parce que si les différences de taux de consanguinité pedigree/génétique s’étaient appliquées aux deux populations (générale et NVSWH), alors j’aurais commencé à mettre en doute les résultats Embark. Mais ce n’est pas le cas : concernant les chiens NVSWH génotypés chez Embark, leurs taux élevés de consanguinité pedigree correspond bien à leurs taux élevés de consanguinité génétique… Conséquence normale et attendue d’un programme de gestion centralisé des naissances appliqué depuis les années 80 dans une population fermée.

Par contre, la notion de pure race appliquée à la lettre par le programme centralisé des naissances de la NVSWH montre bien le danger sous-jacent que représente une population fermée. Les taux de consanguinité critiques qui étaient donnés jusqu’à présent par les pedigrees (les dernières portées fleurtent avec les 60%) sont malheureusement confirmés…

Conclusion

Le concept de pure race ne peut impliquer la génétique. Seul le pedigree donne le droit à l’appellation de pure race . Pour autant, la science nous démontre que les pools génétiques des chiens de race pure d’aujourd’hui sont bien différents de ceux qui ont servi à définir les races…
Les instances cynophiles se concentrent majoritairement sur le phénotype et le caractère d’un chien pour en définir l’aspect pure race. La génétique quant à elle, travaille dans des domaines concernant la santé du chien. Ces deux aspects semblent contradictoires tant la consanguinité massivement utilisée dans les élevages ne va pas dans le sens d’une meilleure santé. Et pourtant, l’un ne va pas sans l’autre et beaucoup de races de chiens sont aujourd’hui dans une impasse génétique. La plupart du temps (et comme beaucoup d’autres sujets hors cynophilie), ce n’est qu’une fois que l’on est au bord du précipice que les hommes se décident enfin à changer les choses…
A quand une prise de conscience générale sur ce sujet ?

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