La consanguinité du chien de race

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Lorsque je me suis intéressé à l’élevage, je me suis posé beaucoup de questions au sujet de la consanguinité. J’ai lu des débats, souvent houleux, sur les réseaux sociaux et deux écoles s’affrontaient : les « pour et les contre ». Rarement j’ai pu lire ce qu’est concrètement la consanguinité du chien de race. Quelles sont ses conséquences, quelle est la politique d’élevage à appliquer, comment calculer un taux de consanguinité etc. La plupart du temps, il s’agissait plutôt de dogmes bien ancrés .

D’une manière générale la consanguinité est principalement mise en avant pour ses avantages, notamment sur le phénotype. Cependant elle est beaucoup moins décriée pour ses effets négatifs sur le génotype et son impact sur la santé du chien…
Bien que les exemples utilisés dans cet article concernent le chien-loup de Saarloos, le sujet de fond s’applique à n’importe quelle autre race de chien.

Mais avant de commencer, un peu de détente pour ce sujet qui peut paraître compliqué et difficile à aborder. Je vous invite donc à regarder maintenant, ce sketch de François Guédon sur la consanguinité. Après ça, vous serez suffisamment détendu pour aborder ce sujet avec sérénité.

Temps de lecture estimé : 57 minutes



Introduction à la génétique

Toutes les cellules de l’organisme contiennent des chromosomes qui sont formées par de l’ADN compacté.

Localisation du chromosome

Le chromosome est le support de l’information génétique ou de l’hérédité.

Le chien possède 39 paires de chromosomes (38 paires d’autosomes et 1 paire de chromosomes sexuels). Chaque paire de chromosome est constituée d’un chromosome d’origine paternelle et d’un chromosome d’origine maternelle.

Caryotype du chien


Chaque chromosome est constitué de gènes. Un gène est situé dans une région bien précise d’un chromosome appelé “locus”. Chaque gène possède deux allèles (un de chaque parent). Un allèle est donc une variante d’un gène (homozygote et hétérozygote). Les allèles sont à l’origine de la diversité génétique d’un chien et définissent son génotype.

Vous avez besoin d’une petite mise à niveau rapide sur ces sujets ? Alors voici quelques vidéos qui vous remettront à niveau sur les notions de base de la génétique.

Différence entre gènes et allèles?

Allèles homozygotes et allèles hétérozygotes

Allèles dominants et allèles récessifs

Génotypes et phénotypes

Le coefficient de consanguinité

Il existe plusieurs formules de calculs de coefficient de consanguinité.
La plus ancienne (1922) est Wright puis en 1948 Malecot, en 1962 Kudo, en 1997 Ballou puis récemment en 2000, Hardiman (limité à 5 générations).

Nous allons ici développer le coefficient de consanguinité inventé par Sewall Wright .
Il était un généticien de l’évolution et a mis au point une formule qui est à ce jour la plus répandue et la plus utilisée

Le pedigree du chien, mais plus globalement, le livre fermé des origines de chaque race de chiens est la principale source d’information pour pouvoir appliquer la formule de Wright. On parle donc de coefficient de consanguinité généalogique et non de coefficient de consanguinité génétique (que nous développerons plus loin).

“Le coefficient de consanguinité d’un individu est la probabilité que les deux allèles d’un gène, à un locus pris au hasard, soient identiques (homozygotes) par descendance.”

Exemple d’un caryotype d’un chien-loup de Saarloos montrant en couleur orange, pour chacun des 38 chomosomes, les locus (gènes) devenus homozygotes par descendance. Ce caryotype est issu d’une analyse des SNPs effectué par Embark.
Embark est abordé plus loin dans cet article.

Comment calculer un taux de consanguinité depuis un pédigree ?

La vidéo suivante vous apprendra à calculer un coefficient de consanguinité. Ainsi, au travers d’un exemple de pedigree, vous allez apprendre la méthode dite « des chemins ».

Que dit le taux de consanguinité ?

Vous êtes dorénavant incollable sur le calcul du coefficient de consanguinité (COI – Coefficient of Inbreeding en Anglais).

Mais gardez à l’esprit que :

  • Le coefficient de consanguinité du chien de race ne donne pas d’information sur l’identité des gènes qui seront homozygotes. En effet, ils peuvent être de bons gènes comme de mauvais gènes…
  • Il ne dit pas si les effets de la consanguinité seront bons ou mauvais.
  • Il ne prédit pas si les chiots seront en bonne ou en mauvaise santé.
  • Le coefficient de consanguinité du chien de race est une estimation de la consanguinité moyenne attendue pour une portée. Mais la consanguinité individuelle pour chaque chiot au sein de la portée peut être supérieure ou inférieure à cette moyenne.
  • Le COI est une probabilité statistique de l’homozygotie d’un individu. Si l’homozygotie apparaît sur un gène désirable, alors le coefficient de consanguinité aura été une mesure de bénéfice potentiel. Si l’homozygotie apparaît sur un gène indésirable, alors le coefficient de consanguinité aura été une mesure de risque potentiel.

Les différents degrés de consanguinité dans le chien de race

La consanguinité en ligne directe ou In breeding est l’accouplement de deux individus ayant entre eux, un lien de parenté étroit. Par exemple l’accouplement père – fille, frère – sœur, oncle et nièce etc. D’ailleurs ces mariages sont désormais interdits par la SCC, sauf dérogations.

La consanguinité en ligne collatérale, également appelée Line breeding est l’accouplement de deux individus ayant au moins un ancêtre commun.

Quel que soit leurs noms, il s’agit dans tous les cas de combinaisons consanguines à différents degrés. Par conséquent elles alimentent la dépression de consanguinité chez les chiens de race.


Les effets de la consanguinité pour le chien de race

Lorsque les éleveurs utilisent la consanguinité pour leur programme de reproduction, ils risquent également une longue liste de dommages applicables aux animaux. Aussi bien sur le court terme que sur le long terme. En conséquence l’uniformité et la transmission de caractéristiques spécifiques d’un individu à un autre augmentent avec le temps. Cependant, il en va de même de l’infertilité, de la mortalité des descendants, de l’espérance de vie, des maladies génétiques héréditaires et autres maladies dérivées.

Le livre des origines du Saarloos était fermé jusqu’en 2014. Il a été ouvert par la Raad Van Beheer afin de permettre aux deux clubs de races Hollandais (NVSWH et AVLS) de conduire leurs programmes d’Outcross.

Quand le livre généalogique est fermé, des gènes du patrimoine génétique de la race sont perdus par sélection et par «dérive génétique» (due au hasard).

Si vous démarrez une race avec un pool de gènes fondateurs et que vous fermez le livre des origines pour ne reproduire par la suite qu’en consanguinité, vous perdez des gènes à chaque génération. Ainsi les gènes ne pouvant être remplacés, le pool génétique s’épuise. Par conséquent, les animaux (quels qu’ils soient) qui évoluent dans des pools de gènes fermés finissent par disparaître.

Avantages de la consanguinitéInconvénients de la consanguinité
Augmentation de l’uniformité au sein d’une portéeBaisse de la fertilité
Augmentation de l’aptitude à transmettre (reproducteurs dits “traceurs”)Baisse de la vitalité
Fixation des traits physiques et comportementauxDéfauts de naissance
Réduction de la taille
Portées moins nombreuses
Croissance plus lente
Mortalité au sein de la portée plus élevée
Longévité plus courte
Augmentation du nombre de maladies génétiques
Diminution de la diversité génétique
Avantages et inconvénients de la consanguinité dans l’élevage canin.

Taux de consanguinité généalogique et génétique

Y a t-il une différence entre un taux de consanguinité généalogique et un taux de consanguinité génétique (analyse de l’ADN) ?

Sous-estimation de la consanguinité généalogique

Les estimations généalogiques de la consanguinité en utilisant toutes les données du pedigree sous-estiment généralement la consanguinité génétique. Parfois de beaucoup comme le démontre ce tableau ci-dessous. A gauche, les valeurs de consanguinité génétique, à droite les valeurs de consanguinité généalogique. Les valeurs sont à multiplier par 100 pour obtenir un pourcentage.

Différences entre consanguinité généalogique et consanguinité génétique du chien de race
Tableau comparatif des taux de consanguinité généalogiques Vs génétiques – Source : The Institute of Canine Biology – Carole Beuchat PhD

Pourquoi sont-ils différents

Les pédigrées ne sont malheureusement pas un gage de traçabilité indiscutable… Des pedigrees peuvent être incorrects en raison de toutes sortes d’erreurs (dates de naissance erronées, non-enregistrements d’individus, déclarations de saillies erronées, périodes difficiles de l’histoire entraînant des informations manquantes – guerre 1939-1945), etc… En effet tous ces manquements engendrent des liens incorrects dans le livre des origines et impactent le taux de consanguinité généalogique.

La plupart des chiens de races ne peuvent se targuer d’avoir un livre des origines complet et sans inconnues… Aussi, le chien-loup de Saarloos ne fait pas exception à la règle et il existe des zones d’ombres dans l’identification de certains ancêtres. Notamment dans les premières générations où tout n’était pas informatisé comme aujourd’hui. Des éléments manquants, des noms de chiens identiques mais nés à des périodes différentes compliquent l’identification des ancêtres… également, la période compliquée des années 1939-1945 n’a pas aidé non plus… Tout ceci pour souligner encore une fois, la relative approximation des taux de consanguinité généalogiques…

Néanmoins, les informations généalogiques ont été et continueront d’être utilisées pour estimer les paramètres génétiques des populations de chiens de race. Les raisons sont les suivantes:

  • Un vaste ensemble de marqueurs moléculaires (> 10 000) au niveau du génome n’est devenu accessible que très récemment.
  • Le coût du génotypage complet est trop élevé pour être supporté par des éleveurs seuls.

A celà, il faut rajouter que dans la pratique, le pourcentage d’allèles transmis par les parents à sa progéniture varie par recombinaison et ne se borne pas à une simple distribution égalitaire 50/50. Sur de nombreuses générations, ces différences d’hérédité peuvent se cumuler. Ainsi, une variation significative entre le COI génétique (réel) du chien (par analyse SNPs) et le COI estimé à partir des pedigrees (quand ceux-ci sont justes) peut être constatée. Les résultats des COI basés sur la génétique peuvent varier jusqu’à 70 % par rapport aux COI basés sur les pedigree !


Analyse SNPs pour le taux de consanguinité génétique du chien de race

Il faut bien comprendre que les taux de consanguinité généalogiques ne sont que des taux de “papiers”, basés exclusivement sur les Pédigrees qui, nous l’avons vu plus haut, ne sont généralement pas exempts d’erreurs…

C’est pourquoi l’analyse SNPs du génome des parents envisagés est beaucoup plus efficace qu’un taux de consanguinité généalogique théorique. D’ailleurs, c’est l’outil ultime pour un éleveur. Dans ce cas, il ne s’agira pas d’une prédiction mais bien d’une valeur réelle issue de l’analyse génomique des deux parents reproducteurs.

Embark analyse 200 000 marqueurs génétiques et est la seule plateforme à proposer aux propriétaires la possibilité de télécharger les données brutes des analyses effectuées. Ces dernières peuvent être par la suite exploitées dans des programmes scientifiques. Contrairement à Embark, MyDogDNA ne le permet malheureusement pas, puisqu’ils utilisent un chipset propriétaire… Il y a une dizaine d’années, le coût de ce type d’analyse aurait été d’environ 1000€. Aujourd’hui, les tests coûtent entre 100 et 200€ (et généralement, inclus également les autres tests ADN classiques ISAG/AKC).

L’analyse SNPs est sans aucune mesure beaucoup plus efficace mais surtout beaucoup plus fiable que tous les autres coefficients calculés à partir des pédigrees.


Nombre de générations à prendre en compte dans le calcul du coefficient de consanguinité

Aucun ancêtre commun n’apparaît sur le pedigree 5 générations de votre chien ? Par conséquent vous pensez que son taux de consanguinité est de 0%, puisque d’ailleurs, c’est ce qui est écrit sur le pédigree ? Grave erreur…

TOUS les chiens de races pures sont consanguins.

Par définition le chien de race est considéré comme une population fermée et consignée dans des livres des origines. La plupart des races de chiens ont été créées avec une poignée d’individus non apparentés (les fondateurs) puis le livre des origines a été fermé. Par la suite les éleveurs ne peuvent reproduire qu’en consanguinité.

La consanguinité du chien de race augmente sans relâche car elle se cumule avec les générations.

Il est donc important de comprendre qu’une race possède une consanguinité significative très tôt dans le pedigree. Aussi, utiliser des pedigrees peu profonds occulte complètement cette consanguinité…

La lecture des pédigrees doit pouvoir se faire le plus profondément possible (jusqu’aux fondateurs).

Vous n’êtes pas convaincus ? Alors le meilleur moyen est de commencer au commencement du pedigree, avec les premiers fondateurs de la race. Puis de calculer la consanguinité au travers des chemins pour les chiens de 8ème ou 10ème génération.

Concernant le chien-loup de Saarloos, remontons en mars 1937. Gérard (Berger Allemand de type Prussien) et Fleur (Louve originaire de la branche Sibérienne de type Européen) vont donner naissance à la toute première portée du livre des origines du chien-loup de Saarloos (Fleurie et Pittah). Etant donné que Gérard et Fleur sont de races différentes ils sont donc, par définition, non apparentés. En conséquence, leurs enfants auront une consanguinité généalogique de 0%. Puis, une partie de ces enfants seront mariés avec leur père et utilisés dans d’autres combinaisons hautement consanguines. D’autres bergers allemands et d’autres loups (3 louves connues en tout – Fleur I, II et III) viendront dans les premières générations de l’arbre généalogique fournir la base à partir de laquelle la consanguinité ainsi que la perte de diversité génétique de la race n’iront qu’en augmentant…

L’examen des 8 ou 10 premières générations après création de la race, donne une bonne idée de la consanguinité et de la force de la sélection appliquée tôt dans l’histoire de la race.

Gardez cela à l’esprit lorsque vous vous lancez dans le calcul de consanguinité des générations actuelles. D’autant plus lorsque vous consultez le taux de consanguinité de 5 générations proposé par la SCC sur son site LOF Select. Si le coefficient de consanguinité dans la race était de 30% à la dixième génération après la création de la race, votre coefficient de consanguinité de 0%, une dizaine de générations plus tard est une idée fausse…

Un taux de consanguinité nul n’existe pas, et ce, encore moins chez le chien de race…

Vous comprenez maintenant que ces taux de consanguinité à 5G ne veulent rien dire ! C’est comme si vous décidiez volontairement d’occulter toutes les générations précédentes et de ne prendre en compte que les générations les plus récentes…

La consanguinité du chien de race ne se dilue pas avec le temps…
Arrêtons de calculer des taux de consanguinité sur des pedigrees peu profonds (3G et 5G) !

C’est comme ci, pour connaitre la hauteur d’un iceberg, nous ne prenions en compte que la petite partie émergée en ignorant la plus grosse partie immergée…

Le taux de consanguinité “toutes générations” est le taux le plus représentatif du patrimoine génétique d’une portée. Le reste n’est que manipulations et interprétations de chiffres…

Si pour une quelconque raison, vous n’êtes uniquement intéressé que par la consanguinité récente, alors vous n’utiliserez que les données du pédigree de la période qui vous intéresse. Cependant il faudra dans ce cas mentionner obligatoirement le nombre de générations utilisées pour le taux de consanguinité obtenu (x%@xG – par exemple 6,5%@5G). Mais si vous souhaitez obtenir une véritable évaluation de l’homozygotie potentielle d’une portée, vous devez alors utiliser toutes les données du pedigree. Et ce, aussi loin que vous le pouvez sinon votre calcul de consanguinité sera grandement sous-estimé.

Où trouve t-on les taux de consanguinité toutes générations ? Malheureusement nulle part… En effet ils doivent être calculés avec des logiciels de database disponibles dans le commerce. De plus, ces databases doivent être renseignées le plus précisément possible afin d’obtenir des résultats cohérents. Cependant le chien-loup de Saarloos étant une race récente, il est plus facile de reconstituer son livre des origines qu’avec des races plus populaires et plus anciennes… En une quinzaine de générations selon les lignées, on remonte déjà aux origines chez le Saarloos.


LOF Select et le taux de consanguinité du chien de race

Le coefficient de consanguinité figurant sur les pedigrees de la SCC et sur LOF Select sont calculés sur les 5 dernières générations (selon la méthode de Wright). La SCC justifie ce choix dans ces termes, je cite :

  • Plus l’influence d’un de ses ancêtres sur le génotype d’un chien diminue plus l’ancêtre est dans une génération éloignée. Au delà de 5 générations, on peut considérer que cette influence est négligeable, c’est-à-dire que la probabilité qu’un allèle se soit transmis depuis l’ancêtre commun jusqu’au sujet considéré par son côté paternel et maternel est proche de 0″.
  • Cohérence avec le pédigree 5G et possibilité pour l’éleveur de calculer rapidement à partir du pédigree 5G.
  • Pouvoir comparer les valeurs entre les sujets. En effet, la comparaison n’a de sens que si le calcul est effectué sur le même nombre de générations. Et si le pédigree n’est pas complet, c’est-à-dire si il y a des ancêtres inconnus, la précision du calcul du coefficient de consanguinité sera d’autant moins bonne. Dans notre base de données, de nombreux sujets ont leur pedigree 5G complet et nous avons considéré que ce nombre de générations était donc notre référence.

Les deux derniers points me paraissent logiques mais le premier point me paraît être en totale contradiction avec la consanguinité. En effet, la SCC parle d’une probabilité négligeable qu’un allèle puisse être transmis d’un ancêtre commun se situant au-delà de la 5ème génération d’un pédigree à sa descendance. Mais j’ai envie de dire qu’on s’en moque qu’une allèle puisse ou pas se transmettre au delà de 5 générations !

En effet, qu’advient-il du gène devenu homozygote par consanguinité survenue au-delà de la 5ème génération ? D’autant plus s’il se transmet sur un mode autosomique dominant ? S’arrêterait-il à la 5ème génération comme par magie ? Bien sûr que non… Il continuera de se transmettre jusqu’à la génération actuelle. Il peut être un gène désirable ou indésirable, mais rappelez-vous que la consanguinité ne se dilue pas avec le temps. Aussi le discours de la SCC n’est articulé qu’autour de la question du phénotype pour lequel la consanguinité est massivement utilisée. Une grande majorité des éleveurs n’ont également que ce mot à la bouche (phénotype) lorsqu’ils tentent d’expliquer la consanguinité.

La question de la santé est souvent reléguée en fin de réflexion. Lorsque les problèmes de santé se présentent, il est trop tard pour faire machine arrière. Alors, on cherche des tests de dépistage pour les nouvelles mutations récessives que nous avons nous-mêmes créé par consanguinité. Ainsi nous continuons d’alimenter le vortex des maladies héréditaires.

Concernant les taux de consanguinité calculés par la SCC, j’ai pu relever des erreurs sur LOF Select… Certaines erreurs sont dues à des pedigrees incomplets. Dans ce cas, le taux de consanguinité communiqué ne peut être correcte. Par contre d’autres erreurs sont dues à des non-prises en compte incompréhensibles d’ancêtres communs. Pourtant ils apparaissent bien sur les pedigrees… Aussi, il faut manier avec précaution les taux de consanguinité communiqués par la SCC sur son site LOF Sélect… de plus ces taux de consanguinité sont calculés sur de faibles profondeurs et sont erronés pour certains …

Voici un exemple d’erreur relevé sur le site LOF Select :

Ancêtres communs non pris en compte dans le calcul de consanguinité par LOF Select
Pedigree LOF Select

Le sujet “X” présente un taux de consanguinité de 7.81%@5G selon la SCC alors que je trouve un taux de consanguinité de 12.20%@5G… Regardons pourquoi.
LOF Select permet de colorer les ancêtres communs pris en compte pour le calcul du taux de consanguinité. Ainsi on s’aperçoit que nombre d’entre eux sont purement et simplement ignorés en dernière génération. Par conséquent, ils n’influent pas sur le taux de consanguinité qui se trouve être inférieur à ce qu’il devrait être…

Pédigree avec tous les ancêtres communs mis en evidence pour le calcul de la consanguinité généalogique sur 5 générations
Pedigree du chien X reconstitué sur un logiciel

Reconstitution du même pédigree avec cette fois-ci, tous les ancêtres communs apparaissant côté père et côté mère… Ainsi on constate qu’en dernière génération, il y a beaucoup d’ancêtres communs qui vont influer sur le taux de consanguinité qui étaient ignorés par LOF Select (pourquoi ? Bug ? non prise en compte volontaire ou erreur involontaire ?)

Remarque : les taux de consanguinité erronés sont reportés sur le document papier Pedigree 5G, facturé par la SCC…


Le club de race ABNF et le taux de consanguinité

Le coefficient de consanguinité disponible sur le site du club de race ABNF est calculé sur les 6 dernières générations (selon la formule de Wright). Là aussi, il y a des erreurs dues à des pedigrees incomplets… Malheureusement il n’est pas possible de vérifier si des ancêtres communs ne sont pas pris en compte dans le calcul puisque l’on ne peut pas obtenir de pedigree 6G en ligne… En effet le site ne propose au maximum, qu’un pedigree 5G…
Pour info, le chien « x » pris en exemple ci-dessus, affiche un taux de consanguinité de 5.10%@6G selon l’ABNF…

Donc, si on résume, le chien “x” aurait un taux de consanguinité de 7.84%@5G selon la SCC et 5.10%@6G selon l’ABNF… On prend lequel ? on fait plouf plouf ?
De surcroît les deux taux de consanguinité sont complètement différents et décalés d’une génération…

Alors qu’est-ce qu’on fait ?

Et bien, on investit dans une database qui permet de calculer les coefficients de consanguinité. Ainsi on trouve 12,5%@5G pour le chien “x” de l’exemple ci-dessus.


Le site Saarloos.fr et le taux de consanguinité

Avant que le site internet ne disparaisse, le site Saarloos.fr proposait un calculateur de coefficient de consanguinité qui était le seul à ma connaissance, capable de remonter jusqu’aux origines. Pourtant, quel que soit le résultat obtenu aux générations récentes, on pouvait constater que la très grande majorité des simulations effectuées montraient une consanguinité se situant dans une portion comprise entre 50 et 60% à partir de la 16ème génération.

Analyse et comparaison des taux de consanguinité par génération pour plusieurs chiens
Source : Saarloos.fr

Simulation de la consanguinité d’une portée avec différents étalons étrangers.
On constate qu’en premières générations, les niveaux de consanguinité sont moins importants qu’avec la majorité des combinaisons Franco Françaises. Cependant, en dernières générations, les niveaux de consanguinité côtoient les niveaux habituels d’une combinaison Franco-Française.

Analyse taux de consanguinité Saarloos.fr
Source : Saarloos.fr

Simulation de la consanguinité d’une portée avec un étalon de la NVSWH.
On constate que le premier niveau de consanguinité n’apparaît qu’à partir de la 9ème génération. Or une combinaison avec cet étalon permettrait de communiquer sur un taux de consanguinité de 0%@8G… Mais le plus important est le niveau de consanguinité en dernières générations ; nous avons vu préalablement qu’un taux de consanguinité se calcule le plus profondément possible ; ici, le taux de consanguinité en dernière génération est sous la barre des 50% (49%@toutes générations) ce qui est très rare et bien loin des taux de consanguinité des portées actuelles (autour de 60%). Et gagner plus de 10 points de consanguinité à une telle profondeur de pédigree est bien plus difficile que de gagner 10 points sur les toutes premières générations d’un pédigree…

Il convient de préciser, pour ceux qui ne le sauraient pas, qui est la NVSWH. Il est le premier club de race officiel pour le Chien-Loup de Saarloos en Hollande (pays d’origine du Saarloos). D’ailleurs il a été créé l’année de la reconnaissance officielle de la race en 1975. Nederlandse Vereniging van SaarloosWolfHonden a participé activement à l’élaboration du Standard. Depuis 1980, NVSWH a mis en place un programme d’élevage centralisé, entièrement tourné sur ses propres lignées. Rien ne se fait sans le consentement du Club en matière de reproduction. Ainsi la population Saarloos NVSWH vit en autarcie depuis 1980 et ne s’est jamais mélangée avec d’autres populations Saarloos. Enfin, ce n’est qu’en 2019, que le club s’est ouvert à la population « générale » au travers de son tout premier sidecross.


Les différentes options de calcul du taux de consanguinité

Les 3 sources évoquées plus haut (SCC, ABNF et Saarloos.fr), appliquent la formule de Wright pour le taux de consanguinité, mais avec des options de calcul différentes. LOF SELECT de la SCC ainsi que le club de race ABNF utilisent une option de calcul strict du coefficient de consanguinité sur une profondeur de pedigree limitée. Le site Saarloos.fr utilisait une option de calcul détendue du coefficient de consanguinité sur des profondeurs de pedigree allant jusqu’aux fondateurs. Il existe donc plusieurs options de calcul pour déterminer un coefficient de consanguinité à l’aide d’un logiciel dédié : “strictes” et “détendues”.

Les options strictes empêchent le programme d’incorporer la consanguinité qui ne peut être déduite qu’en «regardant» au-delà de la limite de génération. Par conséquent le programme doit respecter strictement la limite de génération d’ancêtre imposée au calcul.

Les options “détendue”, quant à elles, vont regarder au-delà de la limite de calcul. Ainsi les ancêtres de dernières générations apparaissant dans la limite de calcul sont mieux qualifiés. Prenons par exemple un pedigree 5G dans lequel aucun ancêtre commun n’apparaît. Pourtant en regardant au-delà de la limite de calcul, on s’aperçoit que certains des ancêtres apparaissent également en 6ème, 7ème génération (voir plus) côté père et mère… Grâce à l’option “détendue”, le logiciel de calcul ne considérera plus ces ancêtres comme étant “neutres”.
Ces options détendues génèrent des taux de consanguinité plus importants qu’avec les options strictes mais reflètent bien mieux la réalité…

Chaque option de calcul possède 2 modes :

  • Stricte avec consanguinité minimale d’ancêtre commun” inclue seulement la consanguinité d’un ancêtre commun visible dans le pedigree aux occurrences côté père et mère, chemin par chemin.
  • “ Stricte avec consanguinité maximale d’ancêtre commun” utilise la consanguinité maximale de l’ancêtre commun, comme on peut le déduire en examinant ses occurrences côté père et mère, à nouveau chemin par chemin.
  • “Détendue avec consanguinité maximale” permet au logiciel d’inclure tous les ancêtres communs possibles qui peuvent être déduits du pedigree, sous réserve uniquement de la limite de génération.
  • “Détendue avec vitesse maximale” ​​calcule le coefficient de consanguinité aussi rapidement que possible en ignorant sa connaissance des parents d’ancêtres qui ne se produisent que dans la dernière génération
Comparaison des résultats de taux de consanguinité généalogique selon les différents modes de calcul.
Les différents modes de calculs du taux de consanguinité

Exemple de taux de consanguinité calculés pour un même sujet, jusqu’à la 5ème génération selon les 4 options de calcul décrites plus haut. Le taux de consanguinité @5G le plus réaliste sera 21.09% car l’option détendue avec consanguinité maximale aura qualifié le plus précisément possible tous les ancêtres du pédigree contrairement aux options strictes…

Il est maintenant évident que lorsque l’on compare des taux de consanguinité sur différents sites internet, leurs options de calcul doivent être identiques pour une comparaison pertinente.

Pour en savoir plus sur les différentes options de calcul des taux de consanguinité, le bouton de téléchargement ci-dessous vous permettra de comprendre le raisonnement appliqué pour chaque option au travers d’un exemple simple de pedigree.

La comparaison de taux de consanguinité calculés sur différentes plateformes (SCC, ABNF et feu Saarloos.fr etc) ne sont donc pas nécessairement identiques, et ce pour 2 raisons :

  1. L’option de calcul choisie peut être différente, d’une plateforme à une autre.
  2. La database utilisée servant au logiciel de calcul de consanguinité peut contenir des pedigrees incomplets et/ou des données erronées.

Notion de population effective

La population effective est le nombre de mâles et de femelles qui participent à la reproduction d’une race. Aussi la consanguinité n’est qu’un des nombreux éléments que l’éleveur doit considérer pour mener à bien sa sélection. Quoi qu’il en soit, les chiens non sélectionnés pour la reproduction sont définitivement retirés du pool génétique. Par conséquent, la taille de la population effective se réduit. Ainsi une petite population effective entraîne irrémédiablement un taux de consanguinité plus élevé pour les reproductions à venir ainsi qu’une perte de la variabilité génétique. Par la suite, la valeur sélective et l’adaptabilité de la population diminue, entraînant une baisse de la reproduction et une hausse de la mortalité pour finalement aboutir à une population encore plus petite…

Vortex d'extinction pour les petites populations effectives
Le vortex d’extinction

Un déséquilibre important entre le nombre d’étalons et de lices au sein de la population effective influe également sur la hausse de la consanguinité… Pour en savoir plus sur la notion de population effective et de ses différents facteurs, veuillez lire mon article consacré à l’élevage Français du chien-loup de Saarloos.

L’éleveur doit aussi considérer quels sont les chiens les plus «précieux» génétiquement dans la race. Ça ne doit surtout pas être la progéniture de l’étalon le plus populaire du moment ! Il n’est nulle question ici d’ostracisation de certains étalons populaires pour des raisons fumeuses (maladies véhiculées, lignées impures ou je ne sais quoi d’autres…) mais tout simplement que leurs enfants seront liés les uns aux autres en tant que demi-frères et demi-soeurs. En conséquence, ils partageront de nombreux gènes de leur célèbre père commun. Ainsi ces chiens ont moins de valeur car ils sont tous très similaires génétiquement parlant.

Les chiens de valeur pour la race sont ceux qui portent des gènes rares. Ceux-ci peuvent provenir de petits élevages, d’anciennes lignées ou isolés dans un autre pays. Ou bien tout simplement, n’appartenant pas au type le plus populaire. Par conséquent, ne pas reproduire ces animaux risque de faire perdre leurs génomes moins communs dans la race et de réduire le pool de gènes.
En revanche, le fait de ne pas faire reproduire l’un des nombreux demi-frères du père populaire ne réduira probablement pas sa représentation dans le pool génétique…

Parmi les éléments à prendre en considération dans la prise de décision en matière de reproduction, figurent le statut de porteur d’un animal pour une mutation génétique connue, le caractère, et l’équilibre entre les mâles et les femelles de la population effective – d’autant plus si celle-ci est petite. Quelle que soit la race, il peut y avoir de nombreux problèmes à prendre en considération en raison de leur impact potentiel à long terme sur la génétique de la race.

Il est important que tous les éleveurs s’intéressent à la question de la consanguinité. Pour la calculer ils doivent se doter de moyens informatiques. Il faut considérer les aspects de la gestion génétique afin d’écarter le risque d’être aspiré dans un vortex d’extinction. D’autant plus lorsque la consanguinité est au-dessus de 10%.


Le coefficient AVK

AVK est l’acronyme allemand pour AhnenVerlust-Koeffizient, qui signifie «Coefficient de perte génétique». Ce coefficient, inventé par le Professeur Schlegel de l’Université de Vienne, en Autriche, permet d’évaluer la perte génétique.

Le gros avantage de ce coefficient est sa facilité de calcul comparé au coefficient de consanguinité. De plus il n’y a pas d’options différentes de calcul contrairement au taux de consanguinité… Donc, des données facilement comparables !

Comment le coefficient AVK se calcule t-il ?

Un pédigree de 5 générations implique 62 chiens.
Supposons que 2 ancêtres apparaissent 2 fois dans le pédigree 5G, il reste alors 60 chiens unique (62-2).
L’AVK serait ici de 96.77% (60/62×100).

  • Un AVK égale à 100% signifie que chaque ancêtre composant le pedigree 5 générations n’apparaît qu’une seule fois.
  • Un AVK inférieur à 100% est toujours une indication qu’un ou plusieurs ancêtres apparaissent plusieurs fois dans le pedigree.
  • 70% est un seuil jugé comme étant une limite basse en dessous de laquelle il n’est pas recommandé de descendre. 70% correspond à 43 chiens uniques sur les 62 chiens composant un pedigree 5G).
  • L’ AVK n’est pas corrélé au taux de consanguinité. Il ne s’agit pas du nombre d’ancêtres communs mais du nombre d’ancêtres répétés.
  • Cependant, un bon AVK entraînera toujours un bon résultat de consanguinité. Il peut également être calculé sur des pedigrees plus profonds mais n’est généralement calculé que sur 5G.
  • Un mauvais AVK entraînera toujours un piètre résultat de consanguinité.

Dans mon article consacré à l’étude de la population Française de chiens-loups de Saarloos, un chapitre est consacré à l’évolution de l’AVK dans la production Française depuis son introduction à nos jours.

Dans tous les cas, étant donné son mode de calcul unique et facile, l’AVK peut être une donnée fiable dès lors que l’on veut comparer plusieurs chiens ou plusieurs projets de portées entre eux.


Les Pedigree Charts

Ils ont l’avantage de présenter les choses de manière simplifiée et donc plus lisible qu’un pedigree classique. En effet chaque chien n’y est représenté qu’une seule fois (même dans le cas d’ancêtres communs apparaissant plusieurs fois).

PedChart dont la forme évoque une consanguinité importante
PedChart de la portée Y
PedChart dont la forme évoque une diversité génétique intéressante
PedChart de la portée X

Le PedChart montre les ancêtres d’un individu jusqu’aux fondateurs.
En bleu, les mâles et en rouge les femelles.
Il s’agit ici de captures d’écran. Par conséquent la résolution de l’image ne permet pas d’analyser le détail de chaque chien. Cependant les logiciels qui génèrent ce type de graphiques, permettent d’y zoomer facilement. Chaque chien présente son coefficient de consanguinité (toutes générations) ainsi que son coefficient de parenté (Kinship).

L’analyse de ces deux PedCharts met en évidence les différences dans l’histoire récente de la reproduction des portées “x” et “y”.

Si l’on observe les origines de ses deux portées, elles ont la même histoire.
Cependant, la portée “y” est issue d’un fort degré de consanguinité. Bien illustré par la forme étroite du PedChart.
Alors que la portée “x” bénéficie d’une diversité génétique beaucoup plus importante. Par conséquent la forme du PedChart est beaucoup plus large.

Parce qu’une population de chiens perd des gènes à chaque génération (à la fois en raison de la sélection et de la dérive génétique), ces deux lignées de chiens qui sont séparées depuis quelques générations auront divergé génétiquement.
Concernant la portée X, il y aura une certaine restauration de l’hétérozygotie dans la reproduction. Par conséquent elle participe à un effet positif sur la dépression de consanguinité et donc de la santé.

Le Coefficient de Parenté (Kinship Coefficient)

Vous envisagez de faire un mariage entre deux individus apparaissant sur un pedigree. Cependant vous ne réalisez pas leur niveau de parenté.
Sont-ils peu ou trop apparentés ?
Le coefficient de parenté (en Anglais Kinship Coefficient) peut vous y aider.
Le coefficient de parenté est lié au coefficient de consanguinité. En fait, le coefficient de consanguinité d’une portée est le coefficient de parenté de ses parents. Ainsi, le coefficient de parenté entre un père et une mère potentiels est également le coefficient de consanguinité prédit de leur portée.
Le coefficient de parenté en génétique des populations utilise le symbole grec phi, comme sur cette figure.

Coefficient de parenté (Kinship)
Source adaptée en Français : Institute of Canine Biology – Carole Beuchat PhD

Le coefficient de parenté peut être calculé à partir d’une base de données généalogiques, comme pour les coefficients de consanguinité.
Regardons ce pedigree très simple contenant 14 chiens. Peut-être envisagiez-vous de faire un mariage entre les chiens s14 et s07, mais vous craignez qu’ils soient trop apparentés. Vous voulez savoir à quel point ces deux chiens sont étroitement liés – c’est à dire génétiquement similaires. Le coefficient de parenté vous le dira. Voici comment.

Exemple de pedigree simplifié afin de mettre en évidence les liens de parentés
Source : Institute of Canine Biology – Carole Beuchat PhD

Le coefficient de parenté est toujours une comparaison de deux chiens. Vous pouvez calculer le K pour chaque paire de chiens du pedigree et les afficher sous forme de matrice Excel. Chaque chien est répertorié sur le côté et également sur le dessus. Le nombre dans la case où la colonne et la ligne d’une paire de chiens se croisent est le coefficient de parenté de cette paire. Les cases blanches sur la diagonale sont chaque chien comparé à lui-même.

Tableur pour le calcul du coefficient de parenté - kinship
Source : Institute of Canine Biology – Carole Beuchat PhD

Dans le tableau ci-dessus le coefficient de parenté entre les chiens 14 et 7 est de 0,19 – soit 19%. Ainsi pour un allèle pris au hasard à un locus donné sur l’ADN des chiens 14 et 7, la probabilité de choisir deux allèles identiques hérités d’un ancêtre commun est de 0,19 – soit 19%. Ainsi, la probabilité que la progéniture issue de cette paire de chiens soit homozygote à cet allèle est de 19%. Le coefficient de consanguinité de la portée de chiots serait de 19%.

Un coefficient de parenté calculé à partir d’un pedigree est une estimation du coefficient de parenté moyen attendu. Mais la parenté peut également être déterminée directement à partir des données de génotypage de l’ADN.
Ainsi lorsqu’elles sont basées sur l’ADN, ces valeurs sont précises et réalistes. En effet, les valeurs seront différentes pour chaque chiot de la portée (contrairement aux valeurs calculées à partir des données généalogiques).


Les niveaux de consanguinité chez le chien de race

Selon moi, l’habitude dorénavant bien ancrée de lire des taux de consanguinité calculés sur des pedigrees peu profonds occulte la vision globale du réel état du niveau de consanguinité d’une race. Et plus généralement de la situation particulière du chien de race.

Niveau de consanguinité pour les chiens de race
Source : The Institute of Canine Biology – Carole Beuchat PhD

Ci-dessus, un graphique synthétisant 112 races de chiens. Il est important de noter les niveaux de consanguinité représentés par les lignes horizontales de couleurs verte, jaune et rouge.

  • La ligne verte représente un niveau de consanguinité de 6.25% (correspondant à un mariage entre cousins).
  • En jaune représente un niveau de consanguinité de 12.5% (correspondant à un mariage entre demi-frère et demi-sœur).
  • La ligne rouge représente un niveau de consanguinité de 25% (correspondant à un mariage entre frère et sœur).

Les résultats apparaissant dans ce graphique ont été calculé à partir de données généalogiques pour 5, 10 et toutes les générations des bases de données. Les scientifiques ont également déterminé la consanguinité génomique en utilisant l’analyse des SNP (polymorphismes mononucléotidiques) ainsi que l’analyse du génome entier.

Près des ¾ des 112 races qui composent ce tableau ont un taux de consanguinité supérieur ou égale à 25%. C’est à dire que pour beaucoup de races de chiens, leur élevage implique un étalon et une lice qui sont au moins plus similaires génétiquement que des frères et sœurs…

Le Chien-Loup de Saarloos ne fait malheureusement pas partie de ce graphique. Cependant son taux de consanguinité est de l’ordre de 54% selon ses données généalogiques seules… Il se classerait donc dans les 5 premières races de ce tableau… Aux côtés du Bull Terrier, du Basenji et du Colley…

L’étude de l’évolution de la consanguinité dans la population Française de chiens-loups de Saarloos est disponible ICI.


Les niveaux de consanguinité chez les autres animaux domestiques

Nous avons une idée plus précise du niveau de consanguinité du chien de race. Aussi il serait intéressant de savoir comment elle se situe en comparaison avec d’autres races domestiquées… Le graphique ci-dessous s’intéresse cette fois-ci aux chevaux et dans les mêmes conditions que pour celui des chiens.

Niveau de consanguinité pour les chevaux
Source : The Institute of Canine Biology – Carole Beuchat PhD

La majeure partie des races de chevaux présentes dans ce tableau se situe au plus près des 12.5% de consanguinité. Le dernier tiers se situe en-dessous des 6.25% de consanguinité… Il semble donc que la consanguinité du chien de race est beaucoup plus importante que chez d’autres animaux domestiqués. Ceci peut être expliqué par au moins deux raisons :

  • Contrairement aux races de chiens, d’autres races domestiquées sont élevées avec un objectif de production. Par exemple, l’élevage de vaches en rapport à un objectif d’augmentation de production de lait. Pour atteindre cet objectif, un programme d’élevage est mis en place qui va mélanger les races. Une fois l’objectif atteint, le programme d’élevage est arrêté. Puis commence alors un programme de multiplication de ces vaches « améliorées » pour maintenir les performances de production de lait.
    Alors que chez le chien de race, le terme « élevage » implique de ne pas mélanger les races. Les livres des origines sont fermés dès la création de la race. Tout se fait par la suite en consanguinité.
  • Cependant, la sélection appliquée par les éleveurs va par la suite expliquer les différences de niveau de consanguinité du chien de race et celui du cheval par exemple. Nous développerons plus loin dans cet article, cet aspect capital.

Taux de consanguinité des portées Françaises Saarloos

Il aurait été très long et laborieux de travailler sur les 10 ou 20 dernières années. Aussi, vous trouverez ci-dessous un graphique de consanguinité génération par génération pour toutes les dernières portées de chiens-loups de Saarloos LOF nées en France de 2019 à 2020.

Niveau de consanguinité généalogiques des portées de chiens-loups de Saarloos en France pour 2019-2020
L’option de calcul du taux de consanguinité est l’option Détendue COI max

La ligne bleue représente la moyenne de consanguinité des 36 portées nées sur cette période.
La couleur verte est la portée X la moins consanguine.
En rouge, la portée Y la plus consanguine.
Le graphique n’aurait pas été lisible en y affichant le détail des 36 portées en même temps. Par conséquent, je met à disposition au téléchargement, le fichier Excel qui m’a servi à construire ce graphique. Ainsi vous pourrez y voir le détail des 36 portées concernées. De plus, grâce aux filtres Excel, vous pourrez classer ces portées par COI à n’importe quelle génération, par date de naissance, par AVK ou par éleveur.

Comparaison AVK portée Saarloos Françaises 2019-2020
Comparaison AVK entre la portée X et la portée Y

Gagner presque 14 points de consanguinité sur 18 générations est bien plus difficile que de les gagner sur uniquement les 5 premières générations… C’est une évidence…

Malheureusement, même si la grande majorité des éleveurs prennent conscience du niveau élevé de la consanguinité du Saarloos et travaillent désormais à tenter de la diminuer par des mariages ayant un effet positif sur la dépression de consanguinité, on arrivera à une limite basse qui ne pourra pas descendre plus bas (peut-être de l’ordre de 45% au minimum)… Il faudra alors passer à l’étape supérieure : l’outcross, que sont en train d’appliquer les deux clubs de race Hollandais (NVSWH et AVLS), les seuls habilités à le faire par la Canine Hollandaise, propriétaire du Standard de la race, la Raad van Beheer.

L’analyse complète des taux de consanguinité dans la production Française des chiens-loups de Saarloos est disponible ICI.


La consanguinité et le phénotype du chien de race

Je lis souvent que la consanguinité est nécessaire pour fixer un type.
Mais le type n’est-il pas fixé aux premières générations après création de la race et décrit dans le standard ?
Qu’y a-t’il de plus à fixer qui n’est déjà mentionné dans le standard ?
Quelle est cette quête de types dans le type ?

D’ailleurs ces dérives de sélections sont très souvent à l’origine des hypertypes apparus dans certaines races de chiens (Berger Allemands, races brachycéphales etc.). Leurs conséquences sur la santé sont désastreuses…

Les hypertypes dans le chien de race
Source : Académie Vétérinaire de France – Hypertypes et standards de race chez le chien : une histoire d’équilibre.

Les gènes du type dans une race sont fixés dans les premières générations après la formation de la race. Une fois que la race a les qualités qui la définissent, une consanguinité supplémentaire augmente simplement l’homozygotie des autres gènes du chien, qui auront un impact sur le fonctionnement de son métabolisme et donc sur sa santé…


La consanguinité du chien de race : la roulette Russe ?

S’il y a des mutations parmi les milliers de gènes chez le chien de race (et bien sûr, il y en a !), la consanguinité produira par inadvertance des mutations par paires (homozygotes) pour certains gènes. Ainsi ces mutations impacteront le fonctionnement d’un gène normal. Peut-être que ce gène est lié simplement à un trait physique ou bien lié au bon fonctionnement du métabolisme du chien. Pour autant, c’est la roulette russe… Le côté apprenti sorcier de la sélection appliquée par l’éleveur… D’ailleurs, aucun d’entre eux ne peut se targuer de connaître à l’avance le fruit de ses combinaisons sur le plan génétique. Et encore moins de clamer haut et fort qu’il sait ce qu’il y a dans ses lignées…

Il n’y a aucun moyen de savoir pour un éleveur si le fruit de sa sélection entraînera un effet positif (un trait physique amélioré) ou un effet négatif (mutation génétique récessive révélée par homozygotie).

D’autres animaux domestiques ont des races pourtant clairement reconnaissables. D’ailleurs leur niveau de consanguinité est beaucoup plus faible que celui du chien de race… Par contre, en ne choisissant que les “meilleurs” individus pour améliorer le phénotype, une partie de la variabilité génétique se perd. Ainsi chaque gène perdu entraîne potentiellement un effet et des dizaines de générations plus tard, la variabilité génétique du début s’est amoindrit. C’est ainsi que certaines choses ne fonctionnent plus comme elles le devraient niveau santé. Il ne s’agit pas ici de “mutations” génétique mais simplement d’un dysfonctionnement du gène “normal”. Celui-ci aurait dû faire son travail s’il n’avait pas été modifié par la sélection appliquée par l’éleveur.

Nous avons commencé avec des chiens en bonne santé puis nous avons jeté des gènes, et maintenant nous avons des chiens avec des maladies héréditaires.

Nous ne résoudrons JAMAIS ce problème en continuant de perdre davantage de gènes tout en essayant de “se débarrasser” des mutations. Le problème n’est pas que nous avons une mutation. Le problème est que nous n’avons plus de copie du gène normal. Nous devons remettre les gènes perdus dans le pool génétique afin que les choses fonctionnent comme elles le devraient naturellement.

Comment les populations d’animaux sauvages (au phénotype pourtant reconnaissable) parviennent-elles à rester en bonne santé pendant des milliers de générations ? Et sans test de santé qui plus est !!! Parce qu’ils ne perdent pas de gènes importants dans leur pool génétique. Les animaux se déplacent parfois de troupeau en troupeau. Ce qui restaure les gènes perdus d’une population qui s’était dissociée des autres.

Si une population devient isolée et que de nouveaux individus sont empêchés de s’y joindre, le pool génétique se réduit, la santé de la population se dégrade jusqu’au moment inéluctable où la population disparaît…


Quelle est la valeur de consanguinité à ne pas dépasser pour le chien de race ?

Les effets négatifs de la consanguinité commencent à devenir évidents avec un coefficient de consanguinité d’environ 5%. À un niveau de 10%, il y a une perte de vitalité chez la progéniture ainsi qu’une augmentation de l’expression des mutations récessives délétères. Des niveaux de consanguinité supérieurs à 10% auront des effets non seulement sur la qualité de la progéniture, mais également des effets néfastes sur la race. Pour rappel, 6.25% correspond à un mariage entre cousins…

Pour autant, devrait-on établir une règle qui interdirait toute reproduction dont le résultat de consanguinité serait supérieur à 10 % ? Après tout, ce serait une règle logique… Malheureusement, les choses ne sont pas si simples…

Avec les outils dont nous disposons actuellement, la consanguinité ne peut qu’être estimée. À partir d’une base de données généalogiques, nous ne pouvons obtenir qu’une estimation de la consanguinité de la portée. Non de la consanguinité de chaque individus au sein de la portée.

En effet, un coefficient de consanguinité généalogique est basé sur la filiation des ancêtres. Bien que tous les chiots d’une portée ont les mêmes parents, chacun aura eu une distribution d’allèles différente. Par conséquent, la diversité génétique au sein d’une portée est différente d’un individu à un autre. Le coefficient de consanguinité toute génération est une estimation de la consanguinité moyenne attendue pour une portée. Cependant la consanguinité réelle pour chaque individu peut être supérieure ou inférieure à cette moyenne. Pour cette seule raison, il serait ridicule de déclarer 10% comme seuil absolu pour les reproductions. Pour connaître le niveau réel d’hétérozygotie de chaque chiot d’une portée, il suffit de les tester sur MyDogDNA. La comparaison de leurs taux individuels de diversité génétique apportera un critère supplémentaire à l’éleveur pour sa sélection d’élevage.

Mais il faut se méfier de ne pas réduire un ensemble complexe de considérations génétiques à une règle simple. En effet il y a beaucoup plus à considérer. Ainsi plus on apprend, plus on réalise à quel point il est dangereux de prendre des décisions compliquées basées sur une déclaration concise…


Dois-je quand même me préoccuper du coefficient de consanguinité si je fais les tests de santé de ma race ?

Définitivement oui ! Les tests de santé ne vous renseignent que sur un gène particulier pour un risque connu.

Nous pouvons savoir si un chien possède une mutation délétère que si nous avons un test pour cela.

La plupart des chiens de races ont de nombreuses mutations récessives cachées dans leur génome. Or la plupart ne peuvent être dépistées puisqu’il n’existe pas encore de tests de santé. Aucun moyen de les connaître à l’avance sauf lorsqu’elles s’exprimeront par homozygotie…

Vous élevez peut-être des chiens « testés pour la santé », mais vous produisez toujours des chiots présentant un risque important de maladies génétiques dues à des mutations récessives !

Tous ces « tests de santé » sont une perte de temps et d’argent si en parallèle, on continue de choisir des parents qui engendrent une portée avec un taux de consanguinité à plus de 60 %, comme c’est le cas ces dernières années…

Ni l’argent dépensé dans les frais de santé, dans la nourriture haut de gamme (y compris BARF), dans les tests de santé et dans la recherche ne résoudront le problème tant que les éleveurs, d’une manière générale alimentent eux-mêmes ce cycle par des choix de mariages n’agissant pas sur la dépression de consanguinité.

Evolution de la consanguinité généalogique des portées de chiens-loups de Saarloos depuis son introduction en France

Extrait de mon article consacré à l’étude des portées de chiens-loups de Saarloos en France et de leurs taux de consanguinité depuis 1992 (date des premières portées de Saarloos nés en France) jusqu’à 2019. L’année 2001 ne figure pas sur ce graphique car une seule portée est née et donc non représentative…


Conduite d’élevage à adopter

  1. Utiliser tous les tests de santé disponibles pour éliminer tous les risques de mutations récessives dont nous connaissons l’existence.
  2. Puis utiliser le coefficient de consanguinité pour s’assurer d’avoir réduit autant que possible le risque de mutations récessives inconnues qui se cachent dans le génome de chaque chien.

Le coefficient de parenté (Kinship coefficient) et le coefficient de perte génétique (AVK) sont d’autres indicateurs intéressant à calculer à l’aide des pédigrés (il s’agira alors de valeurs prédictives).


La consanguinité du chien de race dans les pratiques d’élevage

(Source : Institute of Canine Biology, Carole Beuchat PhD)

Pour produire des chiens en bonne santé, nous devons réduire le plus possible le risque de problèmes causés par TOUTES les mutations récessives. Celles que nous connaissons et celles que nous ignorons.

Vous devez vous rappeler que le coefficient de consanguinité n’est pas une mesure du niveau de santé. C’est une mesure du RISQUE. Avec ou sans tests de santé, c’est la meilleure façon de juger du niveau de risque génétique que vous prenez lorsque vous produisez une portée.

Un peu d’histoire

Grâce à une série d’expériences, Johann Gregor Mendel, botaniste Autrichien à la fin du 19ème siècle, a définit la manière dont les gènes se transmettent de génération en génération (lois de Mendel) ainsi que leur implication dans l’hérédité des traits chez les plantes et les animaux. Les éleveurs ont pu ainsi faire de simples expériences de sélection pour révéler si les gènes pour des traits spécifiques étaient dominants ou récessifs. Ce qui leur a permis de pratiquer des sélections produisant des traits prévisibles.

Bien que cela ait éliminé une partie du mystère de la sélection pour de nombreux traits, pour d’autres, leur prédiction est restée difficile à atteindre. Les éleveurs ont réalisé que, dans certains cas, la génétique d’un trait devait être plus complexe.

En effet, certains traits sont déterminés par le cumul de plusieurs gènes et non par un seul (traits polygéniques). C’est un généticien universitaire nommé Jay Laurence Lush qui dans les années 1930, s’est rendu compte que, pour de nombreux traits, il pouvait y avoir beaucoup de variations d’un individu à l’autre. Autrement dit, certains traits n’étaient pas “binaires”.

Par exemple, il ne peut y avoir deux tailles possibles pour un animal déterminé. En effet entre le plus petit individu et le plus grand, il y a toute une variation de différentes tailles.

Ainsi il s’est rendu compte que de nombreux traits étaient polygéniques. Aussi, il a commencé à réfléchir à la manière dont la génétique pouvait expliquer cela.

Les traits polygéniques

Jay Laurence Lush découvre qu’une variation génétique fournit la matière première pour la sélection. De plus une partie de cette variation est “cumulative”. Ainsi un grand chien accouplé à une grande chienne pourrait produire une progéniture plus grande que l’un ou l’autre de ses parents.

L’observation de Lush a lancé un nouveau concept dans la génétique moderne, appelé “génétique quantitative”. Ce concept est appliqué spécifiquement aux traits qui varient continuellement. Les progrès dans la compréhension de la génétique quantitative ont par la suite révolutionné l’élevage d’animaux. Ils ont été à la base des améliorations spectaculaires de la reproduction animale. Elle est devenue le système moderne d’élevage commercial du bétail et d’autres animaux.

Bien sûr, les chiens de race présentent de nombreux exemples de traits qui ont été façonnés par une reproduction sélective et qui tire parti de la variation génétique cumulative. Ainsi la taille d’un animal en est un exemple. A ce sujet, les chercheurs ont identifié plusieurs gènes pouvant être associés à une variation de la taille corporelle chez le chien. Mais des dizaines voire des centaines d’autres gènes ayant de minuscules effets individuellement (modèle polygénique infinitésimal) ont en fait, une influence importante collectivement.

Un exemple : comment améliorer la rapidité de course ?

Prenons pour exemple une race de chien dont la rapidité de course doit être améliorée.

Comment les éleveurs pourraient-ils sélectionner pour élever des chiens toujours plus rapides ?
Une option serait de marier uniquement le meilleur mâle avec la meilleure femelle.
Est-ce qu’une partie de la progéniture sera plus rapide que l’un ou l’autre des parents ? Peut-être.
Certains pourraient-ils être aussi plus lents ? Peut-être également…

Alors l’éleveur choisit d’accoupler le mâle le plus rapide de la portée avec la femelle la plus rapide. Il sélectionne à nouveau les plus rapides de leur progéniture. L’éleveur pourrait ainsi obtenir des chiens plus rapides que les deux premiers parents. Cependant au fil des générations, de consanguinité et de sélections, les progrès commenceront à se stabiliser. C’est l’élevage basé uniquement sur le concept du “meilleur des meilleurs”.

Malheureusement, une grande partie de la diversité génétique d’origine des ancêtres de la première génération aura été perdue. En effet, les chiots de chaque portée partageront une part de plus en plus grande des mêmes gènes à chaque génération. L’éleveur ne pourra plus obtenir de chiens de plus en plus rapides. Pourquoi ? Par les effets délétères de la consanguinité, l’éleveur a éliminé la variabilité génétique nécessaire pour produire une amélioration d’un trait continu en délaissant la variabilité génétique cumulative.

L’éleveur se retrouve finalement dans une impasse génétique faute de ne s’être pas constitué de « stock » minimum d’individus présentant une variabilité génétique suffisante.

La sélection de groupe plutôt que la sélection individuelle

Une sélection de groupe et non individuelle augmentera la variabilité génétique de ces chiens. Ainsi l’héritage aléatoire de cette variation chez la progéniture poussera les performances de course. En effet, pour améliorer un trait polygénique, une variabilité génétique est nécessaire pour la sélection. Au lieu de sélectionner un seul meilleur chien, une sélection d’un groupe de chiens tous plus rapides que la moyenne est préférable.

Est-il possible de produire des chiens de plus en plus rapides pour toujours ?
Probablement pas. Même avec une variabilité génétique préservée, les limites de la conception et de la physiologie s’imposeront à un moment donné. Mais ce type d’élevage sélectif permettra sans aucun doute d’améliorer la plupart des traits polygéniques chez les chiens.

Quels sont les traits recherchés qui sont polygéniques ?
La taille, le comportement, le tempérament, la capacité au travail, la qualité du pelage, la couleur des yeux, la longueur d’oreille, la longueur du museau, les angulations etc. La liste est longue.

Ainsi nous arrivons au problème sous-jacent de la consanguinité : la surexploitation des reproducteurs dit populaires dans la reproduction…

Impact des reproducteurs populaires sur la consanguinité des chiens de race

Lorsque les éleveurs ne sélectionnent uniquement que le «meilleur» individu à reproduire, ils sélectionnent la combinaison de gènes et d’environnement qui a produit ce qu’ils perçoivent comme étant le « meilleur ».

Cependant, d’autres chiens pourraient également présenter un intérêt pour le trait recherché. Mais malheureusement, ils ne sont pas le « meilleur ». Ils ne sont donc pas sélectionnés pour contribuer à l’amélioration de ce trait… Les gènes de ces chiens seront perdus si l’éleveur ne sélectionne que le « meilleur » chien.

Au lieu de continuer dans cette culture du « meilleur » chien, il serait mieux d’élever un groupe de chiens qui seraient les plus performants sur le critère recherché. Ainsi, la variabilité génétique est préservée tout en continuant à améliorer les différents traits recherchés.

Redéfinir la notion de « meilleur » est primordial. Sélectionner les meilleurs individus à reproduire mais en termes de génétique de groupe.

Vous avez sans aucun doute remarqué que cette méthode d’élevage, où le “meilleur” est défini comme un groupe d’individus au lieu d’un seul chien, n’est pas la façon dont les éleveurs de chiens élèvent habituellement. En effet ils choisissent généralement de garder et d’élever uniquement le chien qu’ils perçoivent comme étant le “meilleur” en ignorant les effets possibles de l’environnement sur leur évaluation des autres chiens apparemment inférieurs.

Ainsi ils rétrécissent le patrimoine génétique et augmentent la consanguinité à chaque génération. Leur capacité de continuer à améliorer les traits de leur cheptel s’en trouvera diminué.
Cela s’applique également à la santé et non uniquement aux traits physiques et comportementaux.


Conclusion

Au travers de cet article, nous avons :

  • Compris ce qu’était la consanguinité chez le chien de race ainsi que ses avantages et ses inconvénients.
  • Appris que la consanguinité est importante chez le chien-loup de Saarloos. Et d’une manière générale, bien plus importante que nécessaire pour l’ensemble des chiens de race comparativement à d’autres races domestiquées.
  • Identifié les raisons du niveau anormalement élevé de cette consanguinité. Principalement à cause de la méthode de sélection majoritairement utilisée par les éleveurs.
  • Pris conscience de ce que serait un niveau acceptable de consanguinité pour un chien de race.

Quels sont les moyens d’agir ?

“La majorité des éleveurs pensent agir en faveur de la conservation, à partir du moment où ils ne croisent que des chiens de race pure. Quant à l’amélioration, la plupart des éleveurs pensent aussi qu’ils peuvent y arriver, en laissant les « meilleurs » chiens contribuer le plus possible à la reproduction des générations futures. Ils pensent aussi que cette approche permet d’éradiquer les problèmes de santé et de bien-être chez les chiens de race.

La réalité de l’élevage est cependant toute différente. Le fait est qu’en dépit de tous nos efforts, le pourcentage d’animaux souffrant de troubles héréditaires semble ne cesser d’augmenter, et non pas de diminuer.

Toutes nos tentatives pour améliorer la santé et le bien-être de la population des chiens de race via cette sélection, aboutit quasiment au néant.”

Lr. Ed. J. Gubbels, Généticien

Ces propos alarmants du Ir. Ed. J. Gubbels, généticien, ont été tenus lors d’une conférence qu’il a animé au cours de la Mondiale d’Amsterdam de 2002.

Faire tous les tests de santé disponibles dans la race

Si les éleveurs responsables se soucient de la qualité des chiots qu’ils produisent, il est logique de faire à minima TOUS les tests de santé pertinents lors de la production d’une portée, d’autant plus lorsque l’on travaille une race dont le niveau de consanguinité est élevé (comme c’est le cas chez le chien-loup de Saarloos). Sinon, c’est de l’élevage irresponsable qui revient à jouer à la roulette Russe, à l’apprenti sorcier sur le dos d’une race et des être vivants qui vont naître… Le risque est très élevé pour les chiots et alimente le “vortex d’extinction”, qui petit à petit, ébrèche les fondements génétiques d’une race jusqu’à ce qu’il ne reste plus assez de chiens en bonne santé pour une reproduction responsable.

Calculer la consanguinité de la portée

Malheureusement, je ne vois que très rarement les éleveurs de chien de race communiquer les taux de consanguinité des portées qu’ils produisent. Et pour le peu d’entre eux qui le font, ils ne le calculent que sur de très faibles profondeurs de pédigree. Or il s’agit d’un des critères les plus important sur lesquels communiquer… Est-ce par ignorance ou par incapacité à les calculer ? A mon avis, un peu des deux…

Vortex d’extinction

De plus en plus de races deviennent rares et courent le risque de disparaître complètement. Ainsi le Kennel Club Anglais (KC) a reconnu cette possibilité il y a quelques années. Il a publié une liste de race indigènes en danger d’extinction en raison de leur nombre décroissant.

La coopération entre éleveurs !

Les éleveurs de chiens-loups de Saarloos doivent d’abord prendre conscience du véritable statut génétique de la race. Ensuite ils doivent tout mettre en œuvre pour favoriser les échanges au niveau international afin de coopérer ensemble à la mise en œuvre de stratégies de sélection et de combinaisons qui permettront de garantir la diversité génétique des chiots tout en préservant le phénotype de la race. C’est une question de volonté et de motivation pour le bien de la race…

Faire des portées pour soi ou pour la race ?
Eleveur ou naisseur ?
Responsable ou irresponsable ?
De quel côté êtes-vous ?

Pour en savoir plus, n’hésitez pas à lire mes autres articles :

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