Diversité génétique : deux populations différentes chez le chien-loup de Saarloos ?

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Après l’article consacré à la consanguinité, j’aborde maintenant la diversité génétique chez le chien-loup de Saarloos. La possibilité qu’il existe au sein de la race, deux populations génétiquement différentes va s’imposer…

Temps de lecture estimé : 11 minutes

Qu’est-ce que la diversité génétique d’un chien ?

La diversité génétique d’un chien représente son niveau d’hétérozygotie et la consanguinité, son niveau d’homozygotie. Ces deux facteurs sont interdépendants. Aujourd’hui, nous avons les moyens modernes de mesurer scientifiquement la diversité génétique d’un chien puis d’en faire la synthèse au niveau de la race (pour peu qu’il y ait suffisamment de sujets enregistrés dans la database de l’organisme en charge de l’analyse ADN).

MyDogDNA

MyDogDNA est l’outil le plus approprié pour analyser la diversité génétique du chien-loup de Saarloos puisqu’il a le mérite d’avoir été choisi et promu par les deux clubs de race Hollandais, repris par la suite par un certain nombre d’autres clubs de race ou associations en Europe ; certains clubs de race et associations prenant même en charge une partie des frais. Plus de 400 Saarloos sont présents dans la database MyDogDNA et consultables gratuitement en ligne. De plus amples informations sur MyDogDNA sont disponibles sur le groupe Facebook que j’ai créé et accessible ici.

Diversité génétique
Dans ce graphique, la diversité génétique du chien-loup de Saarloos (en bleu) est comparée à celle de la moyenne des autres chiens de races (en vert) ainsi qu’à celle des chiens non apparentés à une race (en orange) présents dans la database MyDogDNA.

[NDLR] Cette même database a d’ailleurs été utilisée récemment pour une étude scientifique concernant la santé des chiens de race. Un article sur le blog de la FCI en fait également mention.

Deux populations distinctes enregistrées dans MyDogDNA

Il existe deux courbes pour le chien-loup de Saarloos car deux populations distinctes sont enregistrées dans MyDogDNA.
La population fermée de la NVSWH (1ère courbe bleue à partir de la gauche).
La population que j’appellerai du coup arbitrairement « population générale » (2ème courbe bleue à partir de la gauche).

[NDLR] Pour pouvoir faire apparaître les deux courbes sur le même graphique, j’ai réalisé un photo montage.

Plus la race se situe sur la gauche du graphique et moins sa diversité génétique est grande.
– La diversité génétique moyenne du chien-loup de Saarloos est de 29%.
– Celle de l’ensemble des chiens de race présents dans la database MyDogDNA est de 34%.
– Les chiens non apparentés à une race présente quant à elle, une moyenne de diversité génétique de 43%.
– La diversité génétique moyenne des chiens-loups de Saarloos de la NVSWH est encore plus basse (20%).
Il convient de préciser pour ceux qui ne sauraient pas qui est la NVSWH, qu’il s’agit du premier club de race officiel pour le Chien-Loup de Saarloos en Hollande (pays d’origine du Saarloos). Il a été créé l’année de la reconnaissance officielle de la race en 1975. Nederlandse Vereniging van SaarloosWolfHonden a participé activement à l’élaboration du Standard du chien-loup de Saarloos et a adopté depuis 1980, un programme d’élevage centralisé, entièrement tourné sur ses lignées. Rien ne se fait sans le consentement du Club en matière de reproduction. Ce n’est qu’en 2019, que le club s’est ouvert à la population « générale » au travers de son premier sidecross.

deux populations de Saarloos
Sur ce graphique (consultable en 3 dimensions sur le site), chaque chien présent dans la base de données MyDogDNA apparaît comme un point de couleur sur le graphique. « Bleu » pour la population « générale », « rose » pour la population de la NVSWH. Le graphique permet de voir à quel point les génomes des individus sont similaires ou différents au sein de la race. Les chiens ayant un génome très similaire se regroupent les uns des autres. Lorsque le nombre de chiens testés augmente, le graphique permet de mettre en évidence l’apparition de lignées génétiquement différentes au sein de la race.

Sur ce graphique, on peut facilement constater que les deux populations de Saarloos sont bien différentes dans leur génome… Le génome du Saarloos de la population « générale » est en moyenne 23.2% différent de celui du Saarloos de la NVSWH… La différence entre les génomes des chiens au sein de chaque population est de 15.2% (NVSWH) contre 21.5% (population « générale »).

Un chien-loup de Saarloos de la NVSWH serait-il génétiquement différent du reste de la population « générale » ? Au regard des données scientifiques présentes dans le tableau ci-dessus, il semble que oui…

Comment expliquer qu’il existe deux populations génétiquement différentes ?

Le graphique précédent met en évidence deux populations génétiquement différentes au sein de la race. Une des deux populations a donc dérivé, mais alors laquelle ? Comment une race, au livre des origines fermé peut dériver ?

La population Saarloos de la NVSWH vit en vase clos depuis 1980, soit 5 ans après la reconnaissance officielle de la race par la FCI. Elle ne peut donc pas interférer dans cette dérive…

Le programme officiel d’outcross de l’AVLS (le 2ème club de race Hollandais) ne peut pas non plus interférer dans cette dérive. En effet, il a été initié il y a seulement 5 ans, avec seulement 5 portées outcross effectués à ce jour…
Les outcross de l’AVLS font d’ailleurs partie des points bleus sur MyDogDNA et sont donc inclus dans la population dite « générale ». Ils sont d’ailleurs bien visibles sur ce graphique puisque situés en périphérie du cluster de points bleus – en faisant tourner le graphique 3D sur le site MyDogDNA).

Concernant la population générale, que peut-on noter lorsqu’on la compare à la population fermée de la NVSWH :

  1. Une dérive en type de certains sujets présents et passés
  2. L’apparition de mutations récessives telles que la myélopathie dégénérative et le nanisme hypophysaire (absentes dans la population NVSWH)
  3. Une diversité génétique plus élevée.
  4. Des niveaux de taux de consanguinité généalogiques similaires à ceux de la population NVSWH.

La population générale présentant une diversité génétique plus élevée que celle de la population fermée de la NVSWH, elle devrait par conséquent, présenter également un taux de consanguinité généalogique plus faible… Or, il n’en est rien…

Par conséquent, un doute raisonnable se pose quant à la véracité de l’identité de géniteurs déclarés comme étant de race « chien-loup de Saarloos » dans les pédigrees de la population générale ainsi que de leur fréquence d’utilisation pour nombre d’entre eux. Les taux de consanguinité généalogiques de la population générale seraient en réalité, peut être plus faibles… Seule une analyse SNP génomique pourrait lever le doute de manière définitive…

En ce qui concerne la France, les points suivants ne permettent pas non plus, de balayer totalement cette hypothèse :

  1. Des modalités de déclarations de saillies LOF facilement contournables.
    La vérification de parenté n’est toujours pas obligatoire pour la délivrance d’un pédigree). La SCC reconnaissant elle-même que 80% des reproducteurs actuels n’assurent pas une traçabilité complète…
  2. Des niveaux de contrôles SCC bien insuffisants.
    Certains éleveurs sont même parvenus à démontrer qu’il était possible de déclarer des saillies avec des reproducteurs décédés à la date de saillie…
  3. Une inexistence de tout outcross officiel dans les lignées Françaises.

Retrempe clandestine ou sélection ?

Je n’ai aucun problème d’assumer l’héritage passé.
Il n’est pas question ici de jeter l’opprobre sur une partie de l’histoire du chien-loup de Saarloos en France. La production Française a produit de nombreux et excellents sujets et ils ne sont pas à remettre en question.
Il ne s’agit pas non plus d’une quelconque croisade pour faire annuler des pédigrés LOF pour le Saarloos (comme cela a pu se passer en Italie avec les chiens-loups Tchécoslovaques).
Mais tout de même…
Il faut avoir un minimum de lucidité et surtout d’honnêteté… Il faut comprendre un héritage pour pouvoir par la suite contribuer, à son échelle, à la préservation de cette race qui reste fragile.

Lorsque je lis ou entend des commentaires plutôt négatifs voir moqueurs au sujet des programmes outcross des deux clubs de race Hollandais, ils ont, eux, le mérite d’être publiques, argumentés et surtout autorisés par la Raad Van Beheer… Ils n’ont pas été fait sous le manteau et à l’abri des regards…

La retrempe clandestine n’est pas une vue de l’esprit et cette tromperie s’assimile plus à de la magouille qu’à de la sélection…

Lorsque j’entends « je n’aime pas le type Hollandais », ou encore dernièrement sur un groupe Facebook « mes Saarloos sont hyper typés par rapport aux Saarloos Hollandais » je me demande bien qui de toutes ces personnes peuvent mieux savoir qu’un Hollandais à quoi doit ressembler une race qu’ils ont inventé et dont ils ont défini le standard… Pour la quasi-totalité de ces personnes “pro hyper type”, “pro de toujours plus de lupoïde” etc. je n’en connais aucune qui ai fait l’effort de se déplacer aux Pays-Bas, pour discuter, échanger ou y présenter leurs chiens lors d’expositions canines, afin de les soumettre au jugement d’un juge Hollandais spécialiste de la race (et non à un juge toutes races). En tout cas, aucune de ces personnes “pro hyper type”, “pro lupoïde” ne s’y risque… Pourquoi ? La peur du verdict peut-être ?

Il serait également incorrect de penser que tous les chiens Hollandais seraient parfaits et les autres non… Comme partout, il y a de très beaux chiens Hollandais comme il y en a de moins beaux… Pareil en France, en Allemagne et dans les autres pays…

Comprendre le clivage existant entre les deux populations

On ne peut s’en rendre compte que si :

  1. On se déplace aux Pays-Bas pour y rencontrer et discuter avec des personnes toutes aussi passionnées qu’en France et qui ont un historique de près de 40 ans avec la race.
  2. De participer à des expositions canines dans des « Nationales d’élevage » organisé par le club historique du Saarloos et voir les chiens issus de cette population fermée et les comparer avec les nôtres.
  3. De discuter avec des juges Hollandais, tout du moins, ceux qui sont de véritables spécialistes de la race (et non pas des juges « toutes races ») qui vous expliquent leur vision du Saarloos telle qu’ils l’ont apprise et telle qu’ils essayent de la transmettre au travers de leurs jugements mais aussi au travers des portées qu’ils produisent eux-mêmes (un juge étant avant tout un éleveur).

Tout passionné devrait faire son “pèlerinage” dans les pays étrangers et notamment aux Pays-Bas afin d’apprendre par lui-même et de se faire sa propre opinion. Si l’on reste dans son coin, avec ses préjugés, et qu’on ne s’ouvre pas au pays fondateur du chien-loup de Saarloos, alors on n’a qu’une partie des informations.

Je ne suis pas éleveur de métier, je suis un passionné. Je n’ai que peu produit ; par choix mais aussi par conséquence de mes choix de mariages, plus difficiles à mettre en place et dont la réussite n’a pas toujours porté ses fruits…
Certains ne manqueront pas de mettre en avant ces points pour rabaisser l’intérêt de mes propos ou de mes articles et parce qu’il est évident qu’à leurs yeux, un éleveur de métier de plus de dix ans a forcément plus d’expérience que moi…
Je ne rentre pas dans ce débat et je préférerai de loin le débat des idées à la petite guéguerre de celui qui a la plus longue…

Les mauvaises langues diront que je suis “pro Hollandais”, argument facile, réducteur et infondé lorsque l’on veut clore un débat.
Je ne suis pas “pro Hollandais”,
Je suis “pro Saarloos”.

Pour en savoir plus, n’hésitez pas à lire les articles suivants :

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