La consanguinité au travers des pédigrees

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Qui connaît l’origine du chien-loup de Saarloos ? J’ai envie de dire : tout le monde. Du moins, toutes les personnes plus ou moins impliquées dans la race et tous les passionnés. Tout le monde vous dira que Gérard et Fleur, respectivement un berger Allemand et une louve sont à l’origine de la race du chien-loup de Saarloos.
Qui connaît maintenant les premières générations du chien-loup de Saarloos ? Celles qui, entre autres, ont constitué le pool génétique de départ du chien-loup de Saarloos ? Pour parler plus simplement, qui connaît les fondateurs de la race ? Beaucoup moins de monde en fait… Pourquoi ? Parce qu’il faut remonter très loin dans les pédigrees et que ces informations ne sont pas facilement disponibles au plus grand nombre. De plus, l’architecture d’un pédigree rend la lisibilité des ancêtres très compliquée à de telles profondeurs de générations !
Si l’histoire des premières générations de la race est peu connue, comment avoir une idée de la sélection appliquée très tôt dans la race ? Comment connaître le degré de consanguinité de la race sans cet élément ? La consanguinité ne se dilue pas avec le temps ; elle se cumule…
Pour connaître la consanguinité au travers des pédigrees, il ne faut pas utiliser les documents de 5 générations délivrés par les instances cynophiles mais l’intégralité du pédigree de votre chien jusqu’à ses origines si possible. Ainsi vous aurez une idée de l’homozygotie de votre chien.
L’histoire de la race du chien-loup de Saarloos se distingue par un pédigree peu diversifié dû à une sélection étroite appliquée très tôt dans l’histoire de la race et qui n’a cessé d’être appliquée jusqu’à nos jours.

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Le pédigree

Pédigree 5 générations

Le mot “pédigree” est apparu dans la langue anglaise sous la forme “pee de Grewe” qui vient du Français “pied de grue”. Cet emprunt vient de l’analogie visuelle entre la trace du pied de cet oiseau et les trois traits utilisés dans les registres officiels anglais pour indiquer les ramifications d’un arbre généalogique. Le pédigree est le document incontournable pour toutes les races de chiens. Il est censé attester l’origine des ancêtres d’un chien “pure race”. Je dit “censé attester” car malheureusement trop peu de pédigrees incluent la filiation. La filiation étant le seul moyen fiable de garantir la véracité des ancêtres déclarés…

Le pédigree 5G

Pédigree 5G
Taux de consanguinité 0%@5G

Le pédigree de 5 générations est le pédigree le plus courant et le plus utilisé aujourd’hui. Il est délivré par les instances cynophiles (en France, la SCC – Société Centrale Canine) et accompagne toute vente de chiots LOF. Il implique 62 chiens répartis sur 5 générations.

Le pédigree 5G est utilisé par la majorité des éleveurs pour analyser les ancêtres d’un étalon lors de la préparation d’une future combinaison. Mais pourquoi 5 générations et pas plus ?

Parce qu’au delà de 5 générations, il est considéré par les instances cynophiles que l’influence d’un ancêtre situé au-delà de 5 générations est négligeable pour pouvoir influer sur le phénotype et le caractère. C’est-à-dire que la probabilité qu’un allèle se soit transmis depuis l’ancêtre commun se situant au-delà de 5 générations jusqu’au sujet considéré, par son côté paternel et maternel, est proche de zéro.
Cette profondeur de générations a également été choisie afin de pouvoir comparer les valeurs de consanguinité entre les sujets. En effet, la comparaison n’a de sens que si le calcul de consanguinité est effectué sur le même nombre de générations.

Cependant, le pédigree 5G ne reflète en aucun cas le statut homozygote de votre chien ! Les instances cynophiles sont presques exclusivement concentrées autour des questions du phénotype (les traits observables) et du cararactère (normal, puisque c’est ce qui définit la race d’un chien), mais sur un plan génétique, un pédigree si peu profond n’apporte que des informations erronées sur l’état homozygote des gènes de votre chien et donc sur l’état de sa santé…

Iceberg

Le pédigree 5G serait comme le sommet émergé d’un iceberg… Il ne représente que la partie visible. Sa plus grande partie est immergée et non visible. Pourtant, elle constitue la plus grande partie de la masse de l’iceberg ! Pensez à cet exemple dès lors ou quelqu’un essaye de vous expliquer la consanguinité d’un chien au travers d’un pédigree 5G ! Si vous ne remontez pas le plus loin possible dans les pédigrees, jusqu’aux fondateurs, la valeur de consanguinité calculée sera très largement sous-estimée.

La consanguinité ne se dilue pas avec le temps : elle se cumule !

Le pédigree 7G

Pedigree 7G
Taux de consanguinité 0%@7G

Augmentons donc la profondeur de générations au travers de ce pédigree de 7 générations. Ca commence à devenir compliqué n’est-ce pas ? Un pédigree de 7 générations implique 254 chiens… Nous avons les mêmes informations que sur un pédigree 5G mais avec 192 chiens et deux générations en plus… Pour ceux qui savent calculer un taux de consanguinité au travers de la méthode des chemins, l’exercice commence sérieusement à se compliquer ici… Cependant, le résultat de consanguinité sera toujours aussi sous-estimé qu’avec un pédigree 5G. Mais surtout, le pédigree 7G ne donne toujours pas d’information sur l’histoire de ces lignées, sur la force de sélection appliquée au fil des générations depuis la création de la race…

Le pédigree 8G

Pedigree 8G
Taux de consanguinité 0%@8G

Alors passons à un pédigree de 8 générations impliquant 510 chiens… Nul besoin d’expliquer davantage : la difficulté d’analyse d’un tel pédigree relève du challenge et de beaucoup de patience… Et bien sûr, toujours pas d’information sur l’histoire des lignées et de la force de sélection appliquée depuis le début de la race…

Comment faire pour aller plus loin et surtout avoir une vue globale plus représentative de la consanguinité des lignées impliquées dans un pédigree ?

Le PedChart

Qu'est-ce qu'un PedChart ?
Taux de consanguinité 0%@8G

Le PedChart est également un pédigree mais sous une forme graphique différente. Ci-dessus, le PedChart du précédent pédigree 8G. Nous y trouvons les mêmes informations que dans le pédigree version classique mais avec une représentation graphique aisément interprétable qui nous sera très utile dès lors où l’on voudra aller encore plus loin dans les générations antérieures.

Le principe du PedChart

Un PedChart se lit comme un pédigree classique ; de la gauche vers la droite. En bleu, les mâles, en rose, les femelles. Les liens de parentés sont également de couleur bleu ou rose selon si le lien est paternel ou maternel. On peut trouver également pour chaque chien composant un PedChart, son taux de consanguinité ainsi que son Coefficient de Parenté (COR – de l’Anglais : Coefficient of Relationship). Le logiciel générant ce type de graphique permet également d’y ajouter des informations supplémentaires tels que numéro d’enregistrement, éleveur, propriétaire, pays d’origine etc. Donc finalement, bien plus renseigné qu’avec un pédigree classique.

Mais la principale différence avec un pédigree classique est que chaque ancêtre n’y est représenté qu’une seule fois. Et ce, même s’il s’agit d’ancêtres communs apparaissant plusieurs fois dans le pédigree. Seuls les liens de parentés entre ces ancêtres communs et leurs descendants sont toujours clairement visibles. Grâce à cette astuce, le nombre de chiens apparaissant sur un pédigree baisse drastiquement. Ainsi, de 510 chiens pour le pédigree 8G nous passons à 187 chiens pour son équivalent en PedChart.

Enfin, et surtout, la forme générale du PedChart va nous permettre de voir au premier coup d’oeil si nous avons affaire à un pédigree étroit et consanguin !

Analyse des PedCharts pour les autres races

Avant d’étudier différents PedCharts pour le chien-loup de Saarloos, intéressons-nous au préalable à des PedCharts issus d’autres races de chiens afin de comprendre à quel point la sélection appliquée à une race pourtant aussi jeune que celle du Saarloos est étroite…

Le Caniche

PedChart Caniche
Source : The Institute of Canine Biology

Voici un PedChart remontant jusqu’aux origines pour un Caniche.
Malheureusement, il s’agit ici d’une copie écran. Par conséquent la faible définition ne permet pas de zoomer dans l’image pour obtenir de plus amples détails. Mais ce n’est pas grave. L’important est dans la forme du PedChart… Je vais y revenir plus loin.

A gauche du PedChart, le chien concerné, à droite, le couple fondateur. Tous les petits carrés n’ayant pas de lien de parenté au tout début du pédigree sont des chiens d’autres races, en principe non apparentés, venant créer et modeler la race avant qu’elle ne soit fixée et reconnue par un standard.

Le nombre de générations inclues dans ce PedChart est énorme ! Il aurait été impossible d’obtenir la même chose au travers d’un pédigree classique sous une forme aussi compacte et synthétique.

On peut noter sur la droite du PedChart et quelques générations plus tard, un nombre importants d’ancêtres théoriquement non apparentés venus très tôt dans le pédigree, apportant ainsi de la diversité au pool génétique d’origine de la race. On peut également observer que la largeur du PedChart s’élargit de plus en plus au fil des générations, entretenant ainsi une certaine variabilité génétique de part le nombre d’ancêtres uniques présents dans cet arbre généalogique.

Nous avons donc affaire ici à un pédigree certes consanguin (comme toutes les races de chiens puisque les lignées sont apparentées) mais avec un nombre d’ancêtres uniques important afin de préserver une diversité génétique qui n’entraînera pas de dépression de consanguinité excessive. Pour rappel, la moyenne de consanguinité génétique du caniche est de 14.9%.

Ce PedChart donné en exemple pour le Caniche a un autre avantage ici ; celui de mettre en évidence le fléau des mâles populaires… En effet, vous trouverez sur le graphique, un ancêtre désigné par une flèche noire. Cet ancêtre est tristement célèbre dans les lignées de ce caniche pour avoir été sur-exploité pour la reproduction parce qu’il s’agissait notamment du multi champion de concours de beauté canins de l’époque… Les descendants de ce mâle populaire ont été colorés en rouge… Vous voyez le problème ? La très grande majorité des descendants de ce mâle populaire se retrouve dans toutes les dernières générations du caniche de ce PedChart… Ruinant ainsi gravement, la diversité génétique précieusement acquise jusque-là par une sélection qui était jusqu’alors relativement diversifiée….

Le Golden Retriever

PedChart Golden Retriever
Source : The Institute of Canine Biology

Que pouvons-nous dire sur le PedChart de ce Golden Retriever en comparaison de celui du Caniche vu plus haut ?
Tout d’abord, que la largeur du PedChart est moindre, traduisant ainsi une sélection plus étroite que celle qui avait été appliquée pour le Caniche.
La population fondatrice est relativement diversifiée mais un goulot d’étranglement est survenu très tôt dans les lignées pour s’élargir par la suite.
En résumé, il s’agit ici de lignées consanguines mais avec une certaine diversité d’ancêtres utilisés sur la majeure partie du pédigree mais dont la quasi-totalité dépendent d’une sélection très étroite sur la population fondatrice de la race… La consanguinité de ce Golden Retriever a donc de grande chance d’être supérieure à celle de notre Caniche… Pour rappel, la moyenne de consanguinité génétique du Golden Retriever est de 27.3%.

Analyse des PedCharts pour le chien-loup de Saarloos

Revenons au chien-loup de Saarloos. Maintenant que nous avons compris qu’il y a une relation directe entre la largeur d’un PedChart et la consanguinité qui en résulte, qu’en est-il pour notre race de coeur ?

Lignées NVSWH

PedChart chien-loup de Saarloos
Moutain Dew Philip – 2020

Voici le PedChart d’un mâle de la NVSWH (population Hollandaise fermée depuis les années 80). A gauche, le mâle étudié, à droite le couple fondateur Gérard et Fleur. L’équivalent de moins d’une vingtaine de générations. Cette vue globale jusqu’aux fondateurs aurait été impossible à obtenir au travers de pédigrees classiques.

Que nous dit la forme très étroite de ce PedChart ? Une petite population fondatrice suivi d’une sélection étroite avec un goulot d’étranglement au deux tiers du PedChart. La dernière partie du PedChart est toujours aussi étroite. Il s’agit clairement de lignées hautement consanguines (PedCOI=62%).

Je pourrai vous publier des PedCharts d’autres sujets de la population NVSWH mais les résultats seraient très similaires.

Lignées Françaises

Vous pensez que les lignées Françaises font mieux ? Voici les PedCharts des mâles populaires les plus utilisés dans nos lignées Françaises.

PedChart
Iolowska Wolf du Pacha Moor – 1993
PedChart
Romeo Iskander de Louba Tar – 1993
PedChart
Zazi Zen Daouina Sidhe – 1999
PedChart
Skog av Seppalaska – 2002
PedChart
Talik – 2002
PedChart
Velsatis – 2004
PedChart
Anton Armor d’Emozioni Breizh – 2005
PedChart
Antibes Azur de Louba Tar – 2005
PedChart
Glaz Go Gandalf de Louba Tar – 2006
PedChart
Cote d’Or de Daim Pré – 2007
PedChart
Wolfknight’s Dark Wolfsirius – 2007
PedChart
Gdansk de Louba Tar – 2007
PedChart
Canens Africae Eamonn – 2009
PedChart
Fender de Daim Pré – 2010

Je pourrais encore rajouter pleins d’autres Pedcharts, y compris de portées de ces dernières années mais le résultat serait pratiquement le même… Il s’agit d’un problème général, que ce soit d’hier ou d’aujourd’hui et quel que soit l’élevage…
Est-il possible malgré tout de faire mieux ? Oui, il est possible de faire mieux en terme de diversité que tout ce que vous venez de voir. Quelques éleveurs ont ces derniers temps fait beaucoup d’efforts sur ce point. Voici quelques PedCharts des dernières portées tous pays confondus.

PedChart
2019
PedChart
2021
PedChart
2021
PedChart
2021
PedChart
2022

Bien sûr, l’analyse des Pedcharts n’est pas le seul élément à prendre en compte pour évaluer une combinaison. Les résultats des tests de santé est primordial ainsi que d’autres critères qui ne sont pas abordés dans cet article. Il ne faut pas se cantonner exclusivement à la forme du PedChart pour toute prise de décision, c’est l’évidence même. Ceci dit, c’est un outil formidable qui facilite grandement l’étude des pédigrees et très peu utilisé jusqu’ici car il est peu connu. Il permet surtout d’avoir une vue globale de la force de sélection appliquée sur toutes les générations d’un pédigree complet, jusqu’aux origines.

Cependant, malgré une augmentation claire de la diversité des ancêtres sur le dernier tiers de ces derniers PedCharts, les taux de consanguinité de ces portées ont certes baissé mais n’ont pas non plus diminués drastiquement… Ils ont tous en commun l’extrême étroitesse de leur première moitié de PedChart… Ces générations qui n’apparaissent pas sur des pédigrees peu profonds.

Les derniers exemples de Pedcharts nous montrent qu’il est possible d’améliorer les choses. Cependant, même avec la plus grande motivation et volonté possible, les éleveurs motivés vont très vite arriver dans un cul de sac, et ce, pour plusieurs raisons.

La taille de la population effective est trop petite. Arriver à faire baisser la consanguinité c’est trouver des lignées dont les ancêtres puissent être le moins communs possibles entre elles. Sans oubier que le choix se réduit encore d’autant plus avec la compatibilité porteurs/sains et les résultats APR, Dysplasie, épilepsie etc… Comme il n’y a pas assez de reproducteurs, les éleveurs tournent en rond sur les mêmes lignées…

La sélection très étroite appliquée dès le début de l’histoire du Saarloos a généré mécaniquement un niveau de consanguinité élevé dès les premières générations après création de la race. Tous les PedCharts de Saarloos quelles que soient leurs lignées ont en commun une première moitié de PedCharts similaires et étroits au lieu de s’élargir rapidement pour offrir un pool génétique large et diversifié. N’oubliez pas : la consanguinité ne se dilue pas avec le temps, elle se cumule… C’est un héritage génétique que tous nos Saarloos ont en eux.

Conclusion

Tout ceci n’est pas très optimiste, me diriez-vous… En effet, ça ne l’est pas…
Je tiens ici à rappeler encore et encore, une chose primordiale : je ne suis pas contre la consanguinité ! Je tiens à le préciser pour éviter tout type de raccourci bateau du genre “Sans la consanguinité, il n’y aurait pas de chiens de races”… La consanguinité ne me pose pas de problème dans l’élevage de chiens de races ! Si tel était le cas, j’élèverai plutôt des bâtards… Mon combat n’est pas la consanguinité mais le niveau de consanguinité ahurissant et parfaitement irresponsable auquel nous sommes arrivés aujourd’hui !
Il existe des races de chiens tels que le Chien de ferme Dano-Suédois (Standard FCI n°356) , le Mudi (Standard FCI n°238), le Parson Russel Terrier (Standard FCI n°339), le Jack Russel Terrier (Standard FCI n°345), le Bichon Bolonais (Standard FCI n°196), le Barbet (Standard FCI n°105) et le Koolie (non reconnue FCI). Ces races de chiens sont parfaitement typés et au caractère attendu avec des niveaux de consanguinité inférieurs à 10%. Comme quoi, c’est possible !
Il est prouvé que des niveaux élevés de consanguinité entraînent des conséquences sur la santé, sur la taille des portées et la survie néonatale. Le chien-loup de Saarloos fait parti de ces races de chiens qui ont un taux de consanguinité très largement supérieur à 10%. Ces 10% sont la limite haute validée par tous les scientifiques et tous les généticiens qui ne devrait pas être dépassée sous peine de graves troubles héréditaires (plus de 800 troubles et maladies héréditaires sont à ce jour connus).

Malgré une histoire récente en comparaison des autres races de chiens, le chien-loup de Saarloos présente un taux moyen de consanguinité génétique de 34% ! Les Saarloos sont donc plus apparentés que des frères et soeurs ! Au-delà du côté incestueux que cela évoquerait pour le public, un tel niveau de consanguinité entraîne fatalement un état homozygote des gènes beaucoup plus important que ce que l’on pourrait trouver dans n’importe quelle autre race domestique ou d’animaux sauvages vivant sur cette planète !

La race est donc foutue ? En l’état actuel des choses oui, si la majorité des éleveurs continuent d’agir comme si de rien n’était. S’ils continuent à planifier des combinaisons hautement consanguines sans se préoccuper du taux de consanguinité de leurs portées, sans essayer à minima, que le taux de consanguinité des chiots produits soient au moins inférieur à celui de leurs parents… S’ils continuent à agraver les choses plutôt qu’à amorcer un tournant franc et massif.

Mais nous l’avons vu plus haut ; cela ne suffira pas… La petite population effective, le petit nombre de lignées disponibles, l’héritage homozygote d’une grande partie des pédigrees sont des raisons qui limiteront les champs d’actions et emmèneront les éleveurs, y compris les plus motivés, vers un cul de sac…

Alors, il y a l’étape intermédiaire : le sidecross. C’est à dire, de combiner des sujets issus de deux populations qui se sont isolées l’une de l’autre depuis des générations. On reproduit ainsi une étape naturelle qui se produit depuis la nuit des temps chez les populations d’animaux sauvages. En effet, lorsque deux sous-populations (troupeaux, meutes etc.) se sont séparées géographiquement l’une de l’autre depuis des générations et se retrouvent au gré des déplacements et des migrations, un phénomène d’hétérosis en résulte. Chez le Saarloos, la population de la NVSWH s’est isolée depuis les années 80. Pouvoir combiner un sujet issu de cette population avec un autre sujet issu de la population générale revient à reproduire cet effet d’hétérosis appliqué naturellement dans la nature. Cette étape, je viens de l’effectuer avec ma portée 2022 Mountain Dew Phillip x Khalibisnya Maginwulf Millesys. Sur un plan génétique, les chiots issus de cette portée sont précieux pour la race puisqu’ils possèdent un pool génétique doté d’une nouvelle distribution d’allèles. Idéalement, il faudrait pouvoir reproduire ces combinaisons avec d’autres sujets un peu partout en Europe et que les chiots issus de ces combinaisons rejoignent la population effective !

Malheureusement, cette étape intermédiaire ne sera pas suffisante pour faire descendre la consanguinité du Saarloos en-dessous des 10%… En effet, les niveaux de consanguinité sont tels, qu’il faudra alors passer à l’étape supérieure : l’outcross. Plus simplement, faire rentrer du sang neuf avec des chiens appartenant à d’autres races. Quels sont les éleveurs qui se porteront volontaires pour aider la race au travers de programmes outcross ? Combien y en auraient-ils prêts à mettre momentanément de côté leur culte du type idéal et à produire des chiens ne pouvant être vendus comme des Saarloos pure race jusqu’à ce que le type revienne après plusieurs backcross ?

Mais encore une fois, les choses ne sont pas aussi simples… En effet, les premières générations issues des programmes outcross aux Pays-Bas ont montré des taux de consanguinité génétique bien plus élevés que ceux que l’on aurait pu attendre de tels croisements. La moyenne des taux de consanguinité génétique obtenu en F2 avec les combinaisons Berger Blanc Suisse x Saarloos, Chien d’Elan Norvégien x Saarloos et Husky x Saarloos est de 22%…
Eh oui… Les races de chiens sont bien plus apparentées qu’on ne le croit…

Les nouveaux outils aujourd’hui disponibles tels que la consanguinité génétique par analyse SNPs et les coefficients de parenté calculés d’après l’analyse ADN auraient pu très certainement changer la donne s’ils avaient été disponibles lorsque ces programmes outcross ont commencé… Peut-être que les choses seront différentes pour les prochains programmes outcross (en espérant très fort pour l’avenir de la race, qu’il y en ait d’autres).


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