– Pourquoi écris-tu tous tes articles ?
J’ai écrit ces articles pour transmettre au plus grand nombre tout ce que j’ai pu apprendre sur la génétique appliquée à l’élevage du chien de race.
– Mais pourquoi ?
Parce que c’est le génotype qui induit le phénotype et non l’inverse. Ce sont les gènes qui déterminent les qualités physiques et esthétiques ainsi que la santé d’un chien. Il faut donc s’y intéresser de près sinon comment les éleveurs pourraient produire de beaux chiens en bonne santé s’ils ignorent les règles du jeu ? La génétique est la base de l’élevage.
– Mais les éleveurs le savent déjà non ?
Non ils ne le savent pas (ou si peu d’entre eux…). L’éducation dans l’élevage canin est mise à mal par de nombreux biais de confirmation largement répandus dans le milieu cynophile où les mythes et les légendes pullulent encore et toujours.
– Mais qu’est-ce qui t’a décidé à t’impliquer sur ces sujets dans tes articles ?
J’ai décidé d’écrire sur ces sujets parce qu’il n’existe aucune formation où ces sujets sont abordés de manière approfondie… Que ce soit dans les parcours scolaires spécialisés (MFR, lycées agricoles etc), les formations disponibles pour les éleveurs (ACACED et autres modules de formation), tous les sujets liés à la génétique sont survolés et quand ils sont abordés, ils ne concernent principalement que la sélection appliquée au phénotype (couleur des yeux, du poil etc). De plus, internet est très pauvre sur ces sujets en Français.
– Comment as-tu pu apprendre tout ça ?
C’est l’objet de cet article. Je vais vous expliquer ma démarche, mes motivations et comment j’en suis arrivé à écrire tous ces articles.
“Savez-vous ce que vous ne savez pas ?” est un article de Carol Beuchat.
Ce texte a agit sur moi comme un révélateur. Il a été le point de départ de tout ce que j’ai pu écrire par la suite. Il m’a permis de comprendre à quel point la connaissance des bases de la génétique était vital et incontournable pour mieux appréhender le métier d’éleveur de chiens de race.
Il me semblait donc évident que le meilleur moyen de commencer mon article était de vous faire partager ce texte pour pouvoir, par la suite, vous expliquer comment j’en suis venu à écrire tous mes articles.
Carol Beuchat
Carol Beuchat
Le Dr Carol Beuchat est une biologiste des vertébrés possédant une vaste expertise et une expérience de recherche qui englobe la physiologie, l’écologie, le comportement et l’évolution […]. Carol Beuchat a plus de 30 ans d’expérience de travail sur le terrain et en laboratoire […]. Sa formation en biologie comparative et son intérêt pour la biologie des chiens ont motivé la création de l’Institute of Canine Biology afin de réunir des scientifiques étudiant divers aspects de la biologie canine avec les éleveurs et les propriétaires de chiens qui ont une vaste expérience collective et une connaissance des chiens. Le nombre croissant de maladies génétiques chez les chiens est une préoccupation majeure pour les éleveurs, qui manquent d’outils et de ressources pour résoudre ces problèmes. Dans le même temps, une révolution s’opère dans la recherche génétique alimentée par la découverte du chien comme animal modèle pour étudier les maladies génétiques chez l’homme. Les possibilités d’interaction fructueuse entre les scientifiques, les éleveurs et les propriétaires de chiens sont potentiellement infinies.
Carol Beuchat possède un Springer Spaniel Anglais de Finlande nommé Finn.
Savez-vous ce que vous ne savez pas ?
Traduction et adaptation de l’article “Do you know what you don’t know?” du Dr Carol Beuchat en Français par David Lévy.
Lorsque les gens essayent d’expliquer quelque chose, ils utilisent les informations qu’ils ont en tête. Si ce qu’ils savent est entièrement dérivé de leur expérience personnelle, c’est l’information qu’ils utilisent. Si ce qu’ils savent vient de l’éducation, alors ils l’utilisent avec l’expérience.
Prenons un exemple simple. Si vous lancez une fois en l’air une pièce de monnaie pour obtenir un pile ou face, vous avez une chance sur deux pour obtenir l’une ou l’autre des deux faces de la pièce de monnaie. Mais si vous lancez la pièce dix fois, il est peu probable que vous obteniez cinq piles et cinq faces. Nous ne voyons pas cela comme une violation d’un grand dessein parce que nous pensons comprendre le hasard. Pourtant, si vous commencez à lancer une pièce et que vous obtenez quatre-vingt dix sept faces d’affilée, votre cerveau pourrait vous prédire que le prochain tirage au sort sera pile. Mais si vous avez suivi un cours de probabilités ou de statistiques, vous saurez que même après quatre-vingt dix sept faces d’affilée, vous n’êtes pas plus susceptible d’obtenir pile sur le prochain tirage que sur n’importe quel autre tirage au sort.
Lorsque différentes expériences vous donnent le même résultat, il n’est plus soumis à votre opinion.
Ce qui est chouette avec la science c’est qu’elle est vraie que vous y croyiez ou non.
C’est pourquoi cela fonctionne.
Neil deGrasse Tyson – Astrophysicien
Revenons à l’affirmation en début d’article : je l’ai posté au groupe Facebook ICB Breeding for the Future et j’ai été surprise de voir que beaucoup de gens pensaient que la déclaration était vraie et tout autant, qui pensaient qu’elle était fausse. En outre, de nombreuses explications utilisaient des mots ou des expressions comme “croire”, “penser”, “cela a du sens”, “c’est logique que…”, etc. Il y avait aussi des exemples d’expérience personnelle pour étayer une réponse . Mais ceux qui ont choisi de répondre « vrai » et ceux qui ont choisi de répondre « faux » ne peuvent pas avoir raison l’un et l’autre.
Le but de la science est de comprendre comment le monde fonctionne par l’observation et l’expérimentation et une chose que nous savons tous (ou devrions savoir) c’est qu’il y a beaucoup de choses que nous pensons « savoir » à partir d’une expérience personnelle limitée qui s’avère être fausse. Le processus de la science multiplie “l’expérience” plusieurs fois pour fournir des informations plus fiables sur un sujet. Un scientifique qualifié doit être parfaitement conscient de la différence entre ce qu’il pense être vrai à propos d’un sujet basé sur l’expérience, une intuition ou quelques observations (et il pourrait appeler cela une hypothèse) de ce qui est vrai (ou accepté comme vrai ) basée sur une science rigoureuse. Mais pour le profane, cette différence n’est pas toujours aussi évidente. Et il est facile de “confirmer” ce que vous voudriez croire être vrai grâce à un principe appelé “le biais de confirmation”.
Sans les informations factuelles, nous avons tous tendance à nous rabattre sur l’expérience, la logique, les opinions, les croyances et nous sommes encore plus convaincus que nous comprenons quelque chose lorsque ce quelque chose est confirmée par d’autres. Mais souvent, nous n’en savons pas assez pour connaître la probabilité d’avoir raison.
Confucius a dit quelque chose que j’aime beaucoup parce que c’est la perspective que j’apporte à ma façon de penser la science :
Ce qu’on sait, savoir qu’on le sait
Ce qu’on ne sait pas, savoir qu’on ne le sait pas
C’est savoir véritablement.
Confucius
La moitié de la connaissance consiste à connaître les choses que vous savez. Mais l’autre moitié de la connaissance est de savoir qu’il y a beaucoup de choses que vous ne savez pas.
Revenons donc à la déclaration posée en introduction de cet article.
Quelle est la réponse? Est-ce vrai ou faux?
Si l’argent est la monnaie du commerce (parce qu’il vous permet d’acheter des choses), alors la diversité allélique est la monnaie de la sélection en élevage. Vous ne pouvez pas améliorer une caractéristique s’il n’y a pas de variation dans les allèles pertinents entre les individus. La consanguinité a l’avantage d’améliorer l’homogénéité d’une portée car elle réduit la variation des allèles. Mais en même temps, il y a moins de variation dans les allèles dont vous avez besoin pour appliquer une sélection. Au fur et à mesure que la consanguinité dans une population augmente, la capacité à modifier une caractéristique (pour le meilleur ou pour le pire) en utilisant la reproduction sélective, diminue.
Les éleveurs comprennent les avantages de la consanguinité pour l’homogénéité, mais beaucoup ne voient pas qu’à mesure que leurs chiens deviennent de plus en plus similaires génétiquement, ils sont de moins en moins capables de changer leurs caractéristiques par la sélection. Vous entendrez des gens dire des choses comme “une fois que vous perdez les angulations avants, il est très difficile de les récupérer” ou “les problèmes de caractère sont difficiles à corriger”. Ce sont des déclarations sur des caractéristiques hautement polygéniques ; elles sont influencées par de NOMBREUX gènes, et si les gènes de ces caractéristiques sont homozygotes dans une population, aucune reproduction sélective ne les améliorera car vous n’avez aucune variation à sélectionner.
Si vous comprenez ce concept, vous comprendrez qu’il y a un équilibre critique que vous devez atteindre afin d’obtenir un bon type chez vos chiens ainsi que la capacité d’améliorer des caractéristiques particulières. Les éleveurs de bétail essaient de maintenir la consanguinité en dessous de 5 à 10 %. La nature a tendance à maintenir le niveau de consanguinité dans les populations d’animaux sauvages en bonne santé beaucoup plus bas, généralement inférieur à 1 %. La plupart des chiens de race ont un niveau moyen de consanguinité supérieur à 10 %, et beaucoup se situent entre 25 % et même 50 % ou plus (!!!). Vous pouvez avoir une bonne homogénéité, mais il est vraiment difficile de produire quelque chose de bien meilleur que ce que vous avez avec ces niveaux élevés de consanguinité. Pour cette raison, la consanguinité sans relâche est une impasse.
Il y a un autre fait qu’il est utile de connaître pour bien appréhender ce problème. À mesure que la consanguinité augmente, il en va de même pour ce que l’on appelle le “déséquilibre de liaison”.
Le déséquilibre de liaison est la tendance qu’ont les allèles à être hérités par groupes et non plus indépendamment et due au hasard.
Par conséquent, vous essayez peut-être d’éliminer une caractéristique dans votre lignée en sélectionnant contre cette caractéristique. Malheureusement, le gène que vous ne désirez plus se trouve dans un bloc de gènes qui comprend celui que vous souhaitez sélectionner. Vous pouvez soit garder les deux, soit perdre les deux, mais la sélection n’améliorera pas l’un tout en éliminant l’autre. La consanguinité augmente la taille de ces blocs de gènes qui se déplacent ensemble. Les populations avec une diversité génétique plus élevée ont un déséquilibre de liaison plus faible. Elles sont donc capables de répondre plus rapidement et avec plus de précision à la sélection que les populations consanguines. Oui, il y a plus de variation (moins d’homogénéité), mais la possibilité de gain génétique (amélioration d’une caractéristique par la sélection) est beaucoup plus grande. Vous pouvez acheter exactement ce que vous voulez si vous avez l’argent qui vous permet d’avoir le choix…
La déclaration au début de cet article est donc fausse et ce, pour deux raisons très simples :
La consanguinité réduit la capacité à améliorer les caractéristiques d'un individu du fait d'une diversité allélique plus faible et d'un déséquilibre de liaison plus élevé.
Les personnes qui ont compris les principes de la génétique abordés par la question ont pu y répondre facilement et avec un simple énoncé de cette règle. Elles n’ont pas offert d’opinions, de logique ou d’anecdotes personnelles (dont certaines ont en fait “prouvé” la mauvaise réponse), elles n’ont pas erré dans les eaux troubles de l’ambiguïté, elles ne se sont pas embourbées dans des contradictions.
Elles se sont appuyées sur un principe simple de la génétique pour répondre à la question. Elles ne le savaient probablement pas d’après leur expérience personnelle, car il faudrait élever de très nombreuses portées et avoir une bonne connaissance des autres principes de la génétique pour arriver à cette conclusion. Elles le savaient grâce à l’éducation, qui leur a également fourni les preuves nécessaires pour comprendre pourquoi cette déclaration était fausse.
Je n’arrête pas de souligner l’importance de l’éducation. Sans cela, vous n’avez aucun moyen de savoir si les choses que vous “savez” sont réellement vraies ou fausses.
Beaucoup de gens ont choisi “Vrai” en réponse à la question, et ils pensent probablement qu’ils ont raison. S’ils ne connaissent pas la science, ils continueront d’y croire.
Chaque élevage que vous faites est une expérience (coûteuse). Si les règles selon lesquelles vous élevez sont en fait incorrectes, il sera difficile de produire ce que vous voulez. Et vous utiliserez également ce que vous pensez savoir pour trouver les raisons pour lesquelles les choses n’ont pas fonctionné comme prévu. Connaissant ce peu d’informations sur la relation entre la consanguinité et la diversité allélique nécessaire à la sélection, vous devriez avoir une perspective différente sur le processus que vous allez utiliser pour prendre vos décisions de sélection. En fait, votre point de vue changera encore plus si vous en savez plus sur les règles.
J’ai posé cette question parce que j’étais curieuse de voir comment les gens réagiraient. Je ne m’attendais vraiment pas à voir autant de votes pour le vrai ET pour le faux, ou le nombre d’explications proposées qui n’étayaient pas vraiment la réponse. Ce qui est clair, c’est que beaucoup de gens ne savaient pas le simple fait qui aurait rendu cette question facile, et pire encore – ils ne savent pas qu’ils ne savent pas. Il ne fait aucun doute que de nombreux éleveurs fondent leurs décisions d’élevage sur des “informations” qui sont tout simplement fausses. Dans quelle mesure un programme d’élevage peut-il être efficace et efficient s’il est basé sur des informations incorrectes ?
Que diriez-vous des affirmations suivantes : vrai ou faux ? (Après avoir décidé, suivez les liens).
La vigueur hybride ne se produit pas chez les chiens.
Je sais ce qu’il y a dans mes lignées
N’accouplez que les meilleurs avec les meilleurs
Les mutations récessives doivent être retirées du pool génétique.
Il y a de la qualité dans une portée constituée d’un chiot unique.
La mère a plus d’influence sur la qualité d’une portée que le père.
La consanguinité n’augmente pas les problèmes de santé chez les chiens de race pure.
Nous devons protéger la pureté génétique des races avec des livres généalogiques fermés.
Vous entendrez toutes ces déclarations dans les discussions sur l’élevage de chiens. Elles sont toutes fausses parce qu’elles violent des principes simples de génétique qui sont vrais, que vous les croyiez ou non.
Comment pouvez-vous élever les meilleurs chiens possibles si vous ne connaissez pas les règles du jeu ?
Carol Beuchat
Il n’y a pas de meilleure façon de consacrer une partie du temps et de l’argent que vous investissez dans les chiens que dans votre propre éducation.
C’est pourquoi ICB dispense des cours ; suivez-les !
Le cours Entraînement sur le Coefficient de Consanguinité est gratuit et vous pouvez le suivre à tout moment.
Suivez les deux autres cours offerts par l’ICB sur la génétique des populations.
Investissez-vous et devenez un éleveur qui a appris les principes de base de l’élevage.
Sachez ce qui est vrai et sachez que vous ne savez pas ce que vous ne savez pas.
Pourquoi fais-tu tout ça ?
Nous revoilà donc au début de mon histoire.
Pourquoi fais-tu tout ça et quel est ton but ?
Bon… là, il va falloir que je vous explique un peu mon histoire…
Mon métier (celui qui me fait vivre) n’a rien à voir avec l’élevage. En effet, je travaille dans le secteur Audiovisuel Professionnel depuis plus de 20 ans. Je suis Responsable Technique chez un fabricant Américain de matériel professionnel audiovisuel. Parmi mes prérogatives figurent la formation aux produits et aux technologies audiovisuelles. Mes clients sont des techniciens spécialisés ainsi que des ingénieurs. La présentation, la formation, l’enseignement et la veille technologique font partis intégrantes de ma mission. Pour autant, je n’ai aucun diplôme d’ingénieur… Tout ce que je sais, je l’ai appris grâce à des formations spécialisées et des diplômes professionnels, grâce à mon expérience passée sur le terrain et grâce à quelques personnes référentes qui m’ont beaucoup transmis et apporté. La mise à jour régulière des connaissances ainsi que le support et la formation de mes clients me caractérisent. C’est cette même recherche et transmission des connaissances qui va m’animer pour l’élevage canin.
Lorsque j’ai croisé pour la première fois un chien-loup de Saarloos, en 2008, je n’avais absolument aucune attirance pour l’élevage canin. Je n’y connaissais rien du tout. Mais quand je dis rien du tout, c’est vraiment rien de rien… Mise à part le fait d’avoir eu dans mon passé un Caniche nain lorsque j’étais jeune et que je vivais encore chez mes parents, puis un Labrador lorsque je me suis émancipé, voilà où j’en étais dans l’état de mes connaissances en cynophilie… Donc rien de particulier, j’étais un simple quidam qui avait eu deux chiens dans sa vie…
Lorsque j’ai décidé de me jeter dans le grand bain de l’élevage du chien de race, je suis parti à la recherche d’informations sur ce que cela allait impliquer en terme de connaissances. Mon premier constat a été qu’en élevage canin, les critères les plus importants étaient la beauté et le caractère. Bien sûr, tous les éleveurs souhaitent également produire des chiots en bonne santé. Cependant, c’est bien la question de la santé qui va attirer toute mon attention car au fur et à mesure que mes recherches avançaient, je me suis rendu compte qu’il y avait un énorme paradoxe entre les objectifs attendus en terme de santé et les moyens utilisés par les éleveurs pour y parvenir.
La consanguinité a été le premier point révélateur de ce paradoxe. Mon niveau intellectuel sur le sujet était au même niveau que mes connaissances cynophiles ; c’est à dire proche de zéro… Ma première prise de conscience a été de réaliser que les races de chiens telles que nous les connaissons étaient en fait constituées d’individus tous apparentés les uns aux autres. Qu’à la création d’une race, les ancêtres fondateurs (censés être non apparentés) ont fixé le type et le caractère attendus puis l’élevage de la race se passe par la suite en consanguinité. J’ai donc fait des recherches et très vite, je me suis rendu compte qu’au delà des articles plutôt influencés par différents dogmes (être pour ou contre la consanguinité) et avec lesquels on a vite tendance à rentrer dans des biais de confirmation, je ne trouvais nulle part d’articles qui expliquent les choses d’un point de vue simple et basé sur des règles édictées par la science dans le domaine canin. L’internet Français est très pauvre sur le sujet de la consanguinité du chien de race et surtout sur les règles d’élevage à appliquer. Rien non plus concernant la méthode de calcul du taux de consanguinité et sur quelle profondeur de pedigree le calculer.
Je me suis également aperçu que chez une majorité d’éleveurs, la consanguinité était un sujet très mal compris et mal utilisé. Je me suis donc fixé un challenge ; celui d’apprendre toutes les facettes de la consanguinité et de le rendre accessible au plus grand nombre.
Parmi toutes mes sources d’informations, les écrits de Carol Beuchat m’ont beaucoup influencé. Pourquoi ? Parce qu’on est à l’opposé de tout ce que j’ai pu lire et entendre et qui pour la plupart ne sont basés sur aucun concept scientifique et vérifié. Le plus compliqué lorsque vous tentez d’apprendre par vous-même, c’est de trouver des sources d’informations fiables !
Alors j’ai commencé à écrire un puis deux puis plusieurs articles au fur et à mesure que mes connaissances évoluaient. Ainsi, j’ai pu mettre en avant des sujets tels que le taux de consanguinité calculé jusqu’aux fondateurs depuis les pédigrées (pedCOI), l’AVK, le taux de consanguinité génétique (genCOI), le coefficient de parenté (kinship), le coefficient de relation (COR – Coefficient of Relationship), le vocabulaire génétique de base, la recombinaison, le déséquilibre de liaison, la vigueur hybride, la dépression de consanguinité, la dérive génétique, le pool génétique, la diversité génétique, la notion de population effective, la particularité de la population de la NVSWH, les pedcharts, la base de données OMIA qui référence toutes les maladie génétiques héréditaires, etc. Comme vous pouvez le constater, cela a été finalement bien au-delà du thème de la consanguinité… Tous ces sujets qui n’avaient jamais été accessibles, ni évoqués et encore moins expliqués il y a encore 2/3 ans dans le monde du chien-loup de Saarloos.
Et pour pouvoir diffuser du mieux possible toutes ces informations, j’ai créé mon propre site internet. Je ne voulais pas faire un site classique type « mes chiens, mes lignées, mes portées etc ». Mon site regorge d’informations sur la race du chien-loup de Saarloos. J’ai voulu créer un site où tout type de public pourrait y trouver l’information qu’il recherche. Cela peut être des particuliers dans le cadre d’une future adoption, mais ça peut être aussi des éleveurs à la recherche d’informations. J’y ai mis tout mon cœur et beaucoup de temps à mettre en place ce site. Au moment où j’écris ces lignes, mon site internet a déjà eu plus de 55.000 vues, plus de 23.000 visiteurs, 1150 abonnés, 37 articles publiés en seulement deux ans d’existence ! Mes articles sur la consanguinité du chien de race sont souvent classés parmi les 10 meilleurs résultats de recherche sur Google.
J’ai également créer un groupe Facebook intitulé Genetics for Saarloos Wolfdog. Ce groupe est en Anglais puisqu’il s’adresse à tous les éleveurs et passionnés de la race quelle que soit leur nationalité. J’y ré-aborde les principes de base de la génétique et tout le monde peut poser des questions sur tous les sujets afférents à la génétique.
J’ai aussi organisé une visioconférence avec quelques éleveurs Français pour leur expliquer le résultat de mes recherches sur la consanguinité et leur conseiller le logiciel que j’utilise pour pouvoir calculer par eux-mêmes les taux de consanguinité et pouvoir obtenir des pedcharts. L’ASF (Association des Saarloosiens de France) utilise dorénavant ce logiciel et communique des taux de consanguinité à leurs membres qu’ils n’étaient jusqu’alors pas en mesure de pouvoir donner. Quelques éleveurs ont également investit dans ce logiciel afin de gagner en autonomie et en connaissances sur la population de chiens-loups de Saarloos. La database du chien-loup de Saarloos possède également ce logiciel afin de pouvoir donner les taux de consanguinité sur différentes générations ainsi que l’AVK pour chaque nouvelle entrée dans la database.
Le club de race Hollandais AVLS a publié dans son journal, mon article intitulé La notion de race pure dans l’élevage canin.
Est-ce que les choses ont changé ? Oui. Clairement. Même s’il reste encore beaucoup de travail à faire, les choses ont changé.
Autrefois, la quasi totalité des éleveurs Français n’allaient jamais à l’étranger pour leurs combinaisons de portées. Aujourd’hui ils sont de plus en plus nombreux à le faire parce qu’ils ont compris l’importance de la variabilité génétique !
Personne en France ne s’intéressait aux lignées Hollandaises sous prétexte qu’elles n’avaient pas le bon type (c’est à mourir de rire quand on sait qu’il s’agit des lignées du pays d’origine du Saarloos). Combien de fois j’ai pu lire « je n’aime pas le type Hollandais » ou encore la notion du « type ancien » en comparaison au « type nouveau ».
Également sur le caractère du Saarloos, les mentalités changent ! Hier, animal sauvage, chien primitif, chien de spécialistes etc aujourd’hui chien tout court. Avec quelques particularités certes, comme sa réserve typique, mais de moins en moins de chiens totalement flippés et insortables. On revient vers ce à quoi est destiné le chien-loup de Saarloos : un chien de compagnie et de famille fidèle et digne de confiance.
Est-ce que je fais tout çà pour la gloire, la renommée ? Non. Toute cette somme de travail et de recherches ne m’attirent pas que des éloges… En effet, pour certains, je passe pour quelqu’un de prétentieux, imbu de sa personne, vaniteux et orgueilleux, donneur de leçons… Je passe également pour celui qui aurait la science infuse… Est-ce que ça me décourage ? Certainement pas. Pourquoi ? Parce que ces attaques ne sont pas légitimes ; les personnes qui les profèrent oublient que ce n’est pas moi qu’ils visent en fait. En effet, je ne reprend rien à mon nom, je n’invente rien. Je me contente de diffuser ce que la science dit, qu’ils y croient ou non, que ça leur plaise ou non. Tout ce que j’écris est sourcé et documenté. Je n’édicte rien, je n’invente rien. De plus, je ne suis qu’un petit éleveur familial qui n’est guidé et motivé que par sa passion. Je ne vis pas de l’élevage, je n’en ai pas fait une activité professionnelle. Je n’ai pas de réputation à mettre en avant ou à défendre. Par conséquent, je suis en dehors de toute pression extérieure, hors de portée des insultes et des moqueries. Ces dernières ne m’atteignent pas et ne me font pas baisser les bras. Bien au contraire !
Et maintenant ?
Grâce à la génomique et aux segments d’homozygotie (RoH) observés sur les chromosomes à l’aide de marqueurs SNP placés à des endroits spécifiques, l’éleveur a maintenant la possibilité inédite de connaître l’état d’homozygotie de son reproducteur au travers d’un taux de consanguinité génétique mais surtout de connaître à l’avance le degré de parenté entre deux futurs reproducteurs et le taux de consanguinité génétique d’une future portée grâce à Embark. A ce sujet, il y a encore peu de temps, une éleveuse clamait haut et fort et très droite dans ses bottes, qu’avec l’ADN, on pouvait certes obtenir un taux de diversité génétique mais qu’elle ne croyait pas possible d’obtenir un taux de consanguinité à partir de l’ADN ! Mais comment peut-on dire de telles inepties ? Cela revient à dire qu’il serait possible d’identifier sur un chromosome les gènes hétérozygotes mais qu’il serait impossible de faire de même pour les gênes homozygotes ? C’est pourtant ce que font tous les jours les scientifiques et les généticiens… Preuve qu’il y a encore du boulot quant à la mise à niveau des connaissances. Si cette éleveuse avait pris la peine de lire et apprendre ce qui est déjà disponible en information et connaissances sur les segments d’homozygotie, elle n’aurait jamais osé écrire une chose pareille…
Malheureusement, il y a encore beaucoup trop d’idées pré-conçues toujours aussi bien ancrées dans la tête des éleveurs sur encore beaucoup de sujets… Quelques exemples parmi tant d’autres :
- Je sais ce qu’il y a dans mes lignées
- La consanguinité est nécessaire pour préserver le type
- L’outcross introduit de nouvelles maladies dans une race
- Les tests de santé sont le meilleur moyen d’améliorer la santé des chiens de race
- Le taux de consanguinité prédit si les chiots seront en bonne santé
- La diversité génétique de la race augmentera si les éleveurs produisent des portées avec des taux de consanguinité plus bas.
- Sélectionner les meilleurs et ne faire reproduire que les meilleurs permet d’améliorer la race.
Ces questions, je les ai posé pour partie sur mon groupe Facebook Genetics for Saarloos Wolfdogs. Le même type de questions que celles abordées dans l’article de Carol Beuchat. Les gens ne pouvaient y répondre que par oui ou par non puisqu’il ne pouvait en être autrement car pour reprendre les écrits de Carol Beuchat : « si les personnes ont compris les principes de base de la génétique abordés par les questions, ils y répondent facilement et avec un simple énoncé d’une règle. Ils n’ont pas à offrir d’opinions, de logique ou d’anecdotes personnelles, ils n’errent pas dans les eaux troubles de l’ambiguïté et ne s’embourbent pas dans des contradictions ». Une majorité des sondés étaient des éleveurs. Très peu ont répondu à toutes les questions. Parmi les éleveurs qui ont répondu à toutes les questions, la moyenne des bonnes réponses était seulement de 50%. Une seule personne a répondu à toutes les questions sans faire aucune erreur. C’était un membre du comité de l’AVLS.
En fait, ces affirmations sont toutes fausses parce que comme le dit Carole Beuchat, elles violent des principes simples de génétique qui sont vraies, que vous y croyiez ou non.
Je pense que ces éleveurs qui n’ont pas donné la bonne réponse ont utilisé les informations qu’ils avaient en tête au moment où ils ont répondu. Et ce qu’ils savaient était principalement basé sur ce qu’ils ont entendu ou lu quelque part…. C’est le biais de confirmation dont parle Carol Beuchat dans son article. Le biais de confirmation est malheureusement bien trop présent dans le monde de la cynophilie. C’est le modèle « folklorique » du développement de l’information où les voix les plus fortes peuvent produire des « informations » qui sont acceptées par les masses parce que personne ne les vérifie. Les gens répètent les mêmes inepties parce que c’est ce que tout le monde dit et qu’ils ne comprennent pas assez les bases de la génétique pour remettre en question quoi que ce soit.
Mais est-ce si important après tout ? Est-ce si grave pour devoir régulièrement communiquer sur l’importance de la génétique dans l’élevage canin ? En fait c’est capital… Et c’est bien pour cela que je continue à écrire sur les sujets de la génétique. En effet, les éleveurs ne peuvent pas prendre les meilleures décisions d’élevage en se basant sur de mauvaises informations. C’est aussi simple que ça.
En fait, je pense que si j’avais choisi d’élever une race populaire, à la population effective nombreuse, je ne me serai jamais lancé dans de telles explications… Malheureusement, le chien-loup de Saarloos est une race confidentielle à petit effectif et à la population effective encore plus petite. Et pour couronner le tout, avec une consanguinité élevée… Autrement dit, chaque nouvelle portée est précieuse et importante pour l’avenir de la race ! Et encore une fois, comment prendre les meilleures décisions d’élevage si les éleveurs se basent sur de mauvaises informations ? Si l’on reprend les questions posées ci-dessus et qu’un certain nombre d’éleveurs croient ces affirmations comme étant exactes, ils ne sont tout simplement pas en capacité de prendre les meilleures décisions pour leur politique d’élevage… c’est même tout l’inverse qui va se passer et dans une race aussi confidentielle que celle du chien-loup de Saarloos, les conséquences peuvent être terribles… Or, personnellement je souhaite continuer à voir des chiens-loups de Saarloos dans 10 ou 20 ans et en bonne santé !
Il y a encore peu de temps, l’habitude de raisonner en taux de consanguinité sur 5 générations occultait complètement l’état d’homozygotie de la population du chien-loup de Saarloos. Le taux de consanguinité 5 générations sous-estime complètement le niveau d’homozygotie d’un chien. Ce serait comme prendre uniquement la partie émergée d’un iceberg pour en calculer sa taille complète. Aujourd’hui nous savons que la consanguinité moyenne de la race se situe à environ 38%. Ce qui place la race bien au-delà d’une apparenté frère-sœur ! C’est la science qui nous le dit ! Que vous y croyiez ou non.
Nous pouvons dorénavant, avec des logiciels peu couteux (l’équivalent de deux inscriptions en expositions canines) créer des pedcharts qui nous permettent de visualiser un pedigree complet jusqu’aux fondateurs et ainsi, de réaliser à quel point la variabilité des ancêtres est faible dans nos lignées tellement la sélection appliquée très tôt dans la race a été forte et qu’elle l’a été régulièrement tout du long de l’histoire du chien-loup de Saarloos ! Un pedchart permet également à un éleveur de visualiser la diversité des ancêtres dans une future combinaison. Réaliser et comprendre l’importance que revêt la diversité des ancêtres pour une petite race telle que le chien-loup de Saarloos, devrait influencer n’importe quel éléveur responsable, dans ses choix de reproducteurs, de combinaisons et de sélection… C’est ce qui nous permettra de nous extirper des combinaisons du passé ou tout tournait sur les mêmes lignées encore et encore…
Cette diversité des ancêtres dans les pédigrees est également directement liée à la diversité génétique. L’exemple ci-dessous vous permettra certainement de comprendre davantage le principe de la variabilité génétique.
Si à la base, vous trouvez que les M&Ms rouges améliorent le goût dans une poignée d’M&Ms composée d’autres couleurs et qu’une poignée d’M&Ms n’est pas aussi bonne sans les M&Ms rouges, la seule façon de retrouver ce bon goût est de réintroduire d’autres M&Ms rouge pour remplacer ceux qui ne sont plus là. Maintenant, ils proviendront d’un paquet différent du paquet d’origine, mais ce sont exactement les mêmes M&Ms. Réintroduisez dans le bol les nouveaux M&Ms rouges et vous pourrez retrouver le goût que vous appréciez. Si, pour une quelconque raison, nous insistons sur le fait que nous ne pouvons pas rajouter d’M&Ms provenant d’un autre paquet, nous sommes alors en permanence coincés avec notre déficit en M&Ms rouge et avec notre bol d’M&Ms au goût inférieur…
Maintenant, remplacez les M&Ms par des gènes et les paquets d’M&Ms par des chiens et/ou des races de chiens dans le cas d’outcross et vous aurez compris les bases de la diversité génétique.
Les éleveurs doivent comprendre les bases de la génétique pour élever des chiens. Mais ils doivent également comprendre l’évolution de la population qu’ils travaillent… Non seulement en terme d’effectif mais aussi en terme de pool génétique. En effet, le pool génétique d’une race à sa création n’est plus le même des générations plus tard. On parle d’étude génétique des populations. Ces études se font grâce à des indicateurs qui ne sont malheureusement pas connus chez la plupart des éleveurs. Et pour cause ; ils ne peuvent les calculer par eux-mêmes faute d’obtenir les données nécessaires à leur calcul… Il s’agit d’indicateurs tels que l’hétérozygotie observée (Ho), la consanguinité génétique (F), la consanguinité génétique en rapport avec une population se reproduisant au hasard (Fis), le coefficient de parenté (K), le coefficient de parenté moyen (mK), les relations génétiques au sein d’une race dans un dendogramme, l’analyse en composantes principales (PCA) etc. Tous ces indicateurs aident à comprendre l’état de santé d’une population, en l’occurrence d’une race, et de pouvoir appliquer en conséquence une politique d’élevage adaptée aux challenges identifiés.
“Mais David, est-ce là encore si grave de ne pas connaître ces indicateurs ?”
“Les éleveurs n’ont jamais vus ou utilisés ces indicateurs et pour autant le chien-loup de Saarloos est toujours là.”
La réponse est que ce n’est pas moi, encore une fois, qui le dit…
Ce sont tous les scientifiques et généticiens, les Carol Beuchat et autres qui passent tout leur temps à étudier ces sujets qui l’affirment.
D’ailleurs, si nous avions des populations de chiens relativement saines, alors nous pourrions dire que la génétique des populations appliquée par les éleveurs est bonne. Malheureusement, ce que nous avons, ce sont des races qui ont été soumises à une forte sélection génétique mais sans aucune gestion génétique en concertation. Les pools génétiques ont changé à chaque génération sans aucune orientation et avec une protection inefficace de la diversité. Ces pools de gènes sont bel et bien brisés. C’est pour moi entre autres, l’échec des clubs de races qui ne savent pas fédérer les éleveurs autour d’informations sur l’état des populations qu’ils sont censés connaître. Les éleveurs sont d’une manière générale livrés à eux-mêmes. Pour le chien-loup de Saarloos, il est à noter que l’AVLS est un des seuls clubs de race à organiser régulièrement des réunions pour ses membres sur ces sujets. En France, les éleveurs sont complètement livrés à eux-mêmes… Les indicateurs de génétique des populations cités plus haut devraient être calculés et mis à jour par les clubs de races pour permettre aux éleveurs de prendre les bonnes décisions dans leurs combinaisons.
Nous n’améliorerons pas la santé des chiens grâce à des tests de santé, et vous devriez maintenant comprendre pourquoi. Nous n’agissons pas non plus pour préserver les races contrairement à ce que l’on pourrait croire et vous devriez également le comprendre maintenant. La recherche ne résoudra pas les problèmes de santé des chiens, car le problème n’est pas la maladie, c’est la perte des gènes nécessaires à toutes les choses complexes qui doivent se produire dans un chien tout au long de sa vie – naissance, croissance, défense immunitaire, comportement et une infinité d’autres événements et processus qui sont l’essence même de la vie. Les éleveurs ont élevé pour protéger les gènes du type (le phénotype) mais ils ont délibérément élevé d’une telle manière qu’elle garantie de perdre des gènes pour tout le reste (le génotype).
Les problèmes sont évidents depuis longtemps. Les biologistes ont expliqué pourquoi les choses ne fonctionnent pas bien. Mais il n’y a pas de mystère ici. Même un étudiant peut comprendre ce problème et savoir comment le résoudre. Si les éleveurs comprennent la génétique et l’évolution des populations, ils devraient certainement être capables de le faire aussi. Pour le chien-loup de Saarloos, l’avenir de la race dépendra grandement des nouvelles orientations prises par les éleveurs d’aujourd’hui dans le choix de leurs combinaisons, des programmes outcross en cours aux Pays-Bas et comment les éleveurs vont pouvoir les utiliser dans leur futures combinaisons.
Pourquoi je fais tout ça ? Dans quel but ? Je pense que vous avez maintenant tous les éléments en main pour pouvoir le comprendre. L’importance de l’éducation dans l’élevage canin est primordial.
Faites de votre mieux jusqu’à ce que vous en sachiez plus. Une fois que vous en savez plus, faites mieux.
Maya Angelou – Mémorialiste, essayiste, poète et universitaire afro-américaine
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